柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時，理事長室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰是犯人時，棒球隊主投小偉自首說這件事是自己做的，而他的母親卻說是她做的，柯南認(rèn)為事情不會那么簡單，便和園子偷偷溜到理事長室，仔細(xì)觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰，并利用變聲領(lǐng)結(jié)將大家叫到理事長室揭露了兇手。

為找到更多的線索，柯南和服部對長門家的門衛(wèi)和廚師等人逐一進(jìn)行詢問，并且在對個個房間的搜查中，找到了女仆口中的床單，而且根據(jù)秀臣房間的電話留言，兩人重新推斷出了秀臣的死亡時間，一切準(zhǔn)備就緒，服部叫來目暮警官，重現(xiàn)當(dāng)時犯案的場景，兇手就是那個人，但逼死兇手絕不是一個偵探想要的結(jié)果。

柯南、小五郎和小蘭驅(qū)車去北海道看丹頂鶴，偶然認(rèn)識了飼養(yǎng)丹頂鶴的大伯，他邀請柯南他們?nèi)プ约杭胰胱。蟛牡艿馨⒈崆檎写麄儯驮谶@個時候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財產(chǎn)的事兒而來。之后，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時候發(fā)現(xiàn)大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據(jù)自己對現(xiàn)場的勘查認(rèn)為兇手另有其人。

柯南去體育俱樂部館參觀時，正巧看到水上運動的西條、成瀨和木島發(fā)生爭執(zhí)的一幕，而體育俱樂部負(fù)責(zé)人佐伯和跳水代表西條也存在著某些不愉快。當(dāng)晚，小五郎接到目暮警官的電話說西條死亡，因為沒找到什么有用的線索，警方準(zhǔn)備以意外死亡結(jié)案，可是柯南注意到這是件謀殺案，柯南找到目擊證人并從他的繪畫中看透事情的真相，兇手一定就是那個人。

小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時，因為迷路和爆胎被困在山上，這時又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這里除了主持以外還有四個修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳說。第二天，寬念在修行的房間發(fā)現(xiàn)了主持被吊在房梁上的尸體，而同樣的事情曾在兩年前也發(fā)生過。