帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來到了詭異的圖書館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過一圈查看，柯南已大致明白，就在這時，操場中間突然出現(xiàn)了保坂的書桌……

發(fā)燒的小哀醒過來發(fā)現(xiàn)阿笠博士倒在了電腦之前，正當(dāng)小哀以為教授被黑衣人殺害的時候發(fā)現(xiàn)只是誤會。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜訪了哀的父親宮野博士的朋友出島。他們認(rèn)為他可能多少知道一點黑暗組織的以及哀父親的行蹤，但是出島也已經(jīng)30多年沒和宮野博士碰頭了。但是就是最近宮野博士女兒明美曾來拜訪過，正當(dāng)柯南，小哀尋找明美留在這里的物品時出島卻意外死亡！

平次和和葉子預(yù)定來找柯南，但到了預(yù)定時間還沒有出現(xiàn)柯南他們很擔(dān)心。小蘭突然想起了服部說過要和一個叫楠川的偵探見面。不久柯南他們在楠川的公寓找到線索后來到律師伊藤美沙里的家里。但是伊藤卻聲稱平次他們的事自己完全不知情。但此時服部和和葉正被關(guān)在他家的房頂里，原來伊藤的目的是為了逼迫平次解開放有自己偷稅證據(jù)的銀行保險箱的密碼，平次和葉子是否能夠脫險？

柯南、小蘭、小五郎等到小天狗山遠(yuǎn)足，目擊了在山頂管理事務(wù)所工作的平井高也從山崖上掉下來。他們急忙到崖下去看時，平井已經(jīng)死亡。同事務(wù)所工作的近藤英一郎說本來應(yīng)該是自己去的，為此泣不成聲，警方打算按照事故處理，柯南卻發(fā)現(xiàn)這不是突發(fā)事故而是一起殺人事件！而在調(diào)查之后柯南也發(fā)現(xiàn)了兇手的真實面目以及犯罪手法！

步美有個朋友答應(yīng)送給她豪華的七段裝飾人偶，因此步美約柯南等人來到此人家中。正巧同幢公寓里住的津曲水貴與古董鑒定師三重芳春也來到這戶人家，希望主人能轉(zhuǎn)讓一幅價值數(shù)千萬的壁畫。女主人觀野節(jié)子和繼母彌生拒絕了2人的請求，但就在主人外出后，那幅壁畫失竊了。在警方的調(diào)查下少年偵探團(tuán)的各位發(fā)現(xiàn)了現(xiàn)場的些許的不自然的地方!