被初音小姐雇傭的偵探安室透在調(diào)查伴場(chǎng)先生時(shí)發(fā)現(xiàn)了一件事，初音小姐和伴場(chǎng)先生都是從同一間飯店獲救的嬰兒，兩人都是在身份不明的情況下在同一所教會(huì)中撫養(yǎng)長(zhǎng)大，聽到這些之后的初音非常在意。所有的證據(jù)都指向了伴場(chǎng)先生，在車底找到初音小姐掉落指甲的柯南似乎看出了事情的真相，這背后或許有著令人悲傷的事實(shí)。

為了某人的關(guān)系，高木警官竟然把快要掉下去的炸彈重新移到身邊，通過(guò)對(duì)高木警官影像的分析柯南鎖定了監(jiān)禁的地點(diǎn)為北海道，寒鴉和只會(huì)在寒冷北海道北海道出現(xiàn)的日柱現(xiàn)象證明的柯南的觀點(diǎn)，但他們依舊無(wú)法找到監(jiān)禁高木警官的高層。高木警官故意踢下去的布引起的柯南的注意，在認(rèn)真查看過(guò)影像后他找到了答案。

揭開暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團(tuán)看完電影后往家趕，在電車上他們看到遠(yuǎn)方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達(dá)現(xiàn)場(chǎng)后目擊墜落的時(shí)間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長(zhǎng)時(shí)間，為了找出案情的真相柯南立即對(duì)案發(fā)的大樓展開了調(diào)查。

小蘭、園子和世良三人在上學(xué)途中發(fā)現(xiàn)了路旁的遺體，遺體的旁邊留下了用血寫下的“死”字，這就和十年前工藤優(yōu)作唯一沒有揭穿犯人的事件幾乎一樣，為了調(diào)查這兩期案件的共同點(diǎn)，他們打電話給高木警官，但參與十年前案件的目暮警官看過(guò)遺體后卻以竊盜事件定性，回憶著十年前的一幕幕柯南依舊沒有明白自己父親的用意。

社長(zhǎng)夫人就好像是在簽名的時(shí)候被默默溜進(jìn)來(lái)的幽靈毒害了一樣，就像是寄給服部奇怪信件的人類擅自虛構(gòu)出來(lái)的不正常的存在所下的毒手。門把和拖鞋上所撒的毒粉只是掩人耳目的手段，而饑餓的玉郎也是因?yàn)橘Z斯特羅錯(cuò)覺選擇了有毒的蛋糕，和高木警官的對(duì)話后柯南和服部已經(jīng)知道了兇手的辦案手法，但他們現(xiàn)在依然缺少?zèng)Q定性的證據(jù)。