小五郎帶著小蘭和少年偵探團的孩子們來到被稱為地球遺產的人造木屋的集落·鬼澤鄉去觀光。這個村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們為了確認幽靈而出去散步的時候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過去！而對于步美的發現村子里的人卻極力否認，到底是幽靈少女還是真有其人？

柯南、小蘭與小五郎因車子沒油了，得到木山家具社長馬島的款待。社長家的宅院每天會流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發生沖突的一面。這天木山家具為了紀念1號店，聚集了眾多相關者開宴會。而從設計石庭的前社長的兒子、木山智則開始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發現馬島社長死在了石庭的中央！

和葉與小蘭在廚房找食物的時候，柯南和服部也出現在那里，并且兩人又在椅子下面發現了奇怪的名字，絞盡腦汁想要破解這些文字含義的柯南與服部兩人卻因為和葉無意中的一句話而茅塞頓開，雖然知道了兇手是誰，但卻找不到決定性的證據，于是二人設下圈套讓兇手自投羅網，一切都按計劃進行，兇手果然有所行動，可他卻不知道等待他的是兩名偵探！

警察在調查玲治、拓人、晴華的時候，柯南發現野營車的敞篷車頂黏著血跡，之后柯南在現場附近找到了帶血的塑料布，雖然查明殺人的詭計卻沒有辦法確定犯人是誰。而在觀察三名嫌疑人之后柯南最終確定了犯人。而在確鑿的證據面前，兇手最終承認了罪行，并道出了因為不滿以金錢玷污了友情的泰美而最終殺害她的事實。

為了慶祝由貴的朋友澤口圭子的生日和留學而召開了慶祝派對，小蘭，柯南和小五郎也被邀請參加。除此之外參加者還有圭子，還有富堅順司和野中一樹。但是在派對開始不久，喝下葡萄酒的圭子卻突然倒下！警方在檢查圭子的酒杯后發現毒藥，而下毒的方法卻成了謎題。柯南在充分調查之后最終發現了犯人下毒的手法。