目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨自上路尋找柯南。另一方面伊勢原在柯南的幫助下成功脫險，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點時，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點……

若狹老師不慎將話劇演出要用的屏風(fēng)弄臟，柯南一行跟著若狹老師回到公寓幫忙重畫，完工后隔壁房間傳來了噪音，元太和柯南前去抗議時遇到了新的案件。死者是一名模特，而她的男友是有名的高爾夫運動員，若狹老師在早上聽到了兩人的爭吵，而柯南已經(jīng)確定了誰是兇手，現(xiàn)在只差找到關(guān)鍵的證據(jù)。

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發(fā)現(xiàn)一名倒在血泊中的男子，經(jīng)證實此人正是俗稱“佐羅”的連環(huán)搶劫縱火犯的同黨伊勢原祐二。為了解開謎團(tuán)，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢的場面。想要解圍的柯南在和伊勢一起逃亡的過程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運將會如何？

根據(jù)圖畫書中的線索，柯南等人得知還有其他炸彈存在。目暮警官馬上出動全體警力前去搜查，不料卻發(fā)現(xiàn)其余的炸彈都只是爆炸犯捉弄警方的惡作劇，而真正的炸彈早已按照計劃在指定地點爆炸。正當(dāng)調(diào)查一籌莫展時，目暮警官突然接到匿名電話報警，稱自己發(fā)現(xiàn)了爆炸犯的藏身之處。而正當(dāng)眾人趕往此地時，據(jù)稱是犯人居住的地方卻再一次發(fā)生了爆炸……

為了和靈魂偵探堀田凱人進(jìn)行對談，柯南跟著毛利小五郎來到了酒店，但到時發(fā)現(xiàn)堀田已被殺害，其隔壁房間的客人竟然是世良。柯南和世良在案發(fā)現(xiàn)場進(jìn)行了一番調(diào)查，罪犯的手法與關(guān)鍵性的證據(jù)全被找了出來，就在柯南準(zhǔn)備和往常一樣進(jìn)行推理時卻發(fā)現(xiàn)自己的變聲器不見了，而這時竟有人很自然的用他遺失的變聲器開始模仿小五郎的聲音進(jìn)行推理。