博人拜師佐助受挫后找到了片助，在研究所他得到了一個科學忍具，利用科學忍具他在佐助面前使出了完美的螺旋丸，佐助雖然看破但卻沒有說出來。尋求查克拉的大筒木一族已經開始了行動，金式和桃式首先找到了八尾人力柱奇拉比。與此同時，中忍考試即將開始，博人和同伴們都在積極的準備。

金庫的寶石一顆不剩全被盜走，博人等人解決的事件正是白夜團用來轉移注意力的佯攻，自稱義賊的白夜團在各個村子興風作浪，但卻從來沒有留下作案痕跡。佐良娜通過金庫前冰結的鮮花推斷對方是會使用冰盾的忍者，他們通過這點著手展開了調查，掌握到白夜團的行蹤的博人一行也看到了被白夜團幫助的村民，眼前的一切讓博人不知該如何來衡量善惡。

中平六年，漢靈帝死，少帝繼位，為外戚大將軍何進所制。十常侍誘殺何進，袁紹等領兵誅殺宦官，西涼刺史董卓趁機進兵京師、驅逐袁紹、滅丁原收呂布、廢少帝立獻帝，專權朝野，并毒死劉辯。滿朝文武哭哭啼啼，對董卓無可奈何。可曹操（鮑國安飾）卻撫掌大笑，挺身而出，表示愿親自前往謀刺董卓。計定之后，曹操佩著司徒王允借給的七星寶刀來到相府，進入董卓所住小閣，見呂布侍立于旁，不敢下手。董卓叫呂布去挑馬賜與曹操，呂布去后，董卓因胖大不耐久坐，于是倒身轉向內臥于床上。曹操見機會已到，急抽出寶刀，待要行刺，不料董卓從衣鏡中看見曹操在背后拔刀，迅速轉過身子問道：“孟德干什么？”呂布此時也牽馬來到閣外。曹操靈機一動，忙持刀跪下說：“我有寶刀一口，獻與恩相。”董卓拿過寶刀，遞與呂布收了。曹操馬上解下刀鞘交與呂布，道：“我去試試恩相賜的馬。”急牽馬出相府，望東南逃去。當董卓、呂布醒悟過來要捉曹操時，他已遠走高飛。

任務中的佐助遭到了襲擊，而襲擊他的少年竟然有著寫輪眼。收到佐助的訊息后鳴人知道這次事件的嚴重性，他和佐助約定了見面的地點后立即出發，碰巧聽到的佐良娜打算跟過去。佐良娜和悲劇女主綜合癥發作的蝶蝶一起追趕鳴人，在途中她們遭到了攻擊，襲擊她們的正是佐助遇到過的寫輪眼少年。

最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？