警方在繩子和藥瓶上發(fā)現(xiàn)的指紋居然不是屋子里任何一個人的，那么就排除了他們犯案的可能，再休息之前柯南建議警察再次對他們每個人的怪癖進(jìn)行調(diào)查確認(rèn)，然而，卻并沒有發(fā)現(xiàn)有何異常，案件一度遭遇瓶頸，到底是忽略了哪里的線索？這時，小蘭無意中的一句話提醒了柯南，原來犯案的不止一人。

柯南、小五郎和小蘭一起到神話故鄉(xiāng)出云旅游，并在這里認(rèn)識了兩情相悅卻無法在一起的江角榮子和福間良介，次日，警察在豬目洞窟發(fā)現(xiàn)了江角的未婚夫鱷淵的尸體，經(jīng)過篩選，具有殺人動機(jī)的有四個人，除去江角、福間還有藤江和石飛，有目擊者說曾見過福間出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場，可福間卻對此沉默不語像是在保護(hù)什么人，而江角也和福間出現(xiàn)相同的情況，為證明二人的清白，柯南能找到什么樣的證據(jù)？

大家找到校長詢問他下雨的時候是否出現(xiàn)在操場，沒想到卻得到了否定的回答，為了證實(shí)校長的說法，柯南又來找了在保健室休息的世古國繁，因?yàn)樗c保坂從小一起長大，所以又了解了更多關(guān)于保坂的事情，這時，小蘭在走廊的木板上發(fā)現(xiàn)污漬，柯南將這些污漬與操場上出現(xiàn)的刮痕相聯(lián)系，沒錯，制造靈異事件的就是那個人!

巡回劇團(tuán)伊東玉之助一座再度來到米花鎮(zhèn)，這次演出的戲碼是《竹取物語》，然而飾演主角輝夜姬的片岡蓮華卻在公演當(dāng)天被人綁架，警察也展開了緊密的搜查，柯南從歹徒傳來的影像中發(fā)現(xiàn)，這一切全都是蓮華一手導(dǎo)演，可是待柯南等人趕到囚禁室時卻沒有找到蓮華，反而看到斑斑血跡，看來在這之后她真的被人綁架了，與此同時，舞臺上的大幕也拉開了。

警方對酒廠的所有人一一進(jìn)行偵訊后，卻并沒有發(fā)現(xiàn)時什么異常，但柯南卻提出了兩個疑點(diǎn)，即兇手為什么要把尸體搬走，又為什么在兩天之后暗中告訴警方尸體的位置。為了思考這兩個問題，柯南想破了腦袋，直到他從換班休息的酒廠老員工哲田那里得知了以前的事情，隨后他冒充小五郎打電話給警方，讓他們調(diào)查一件事情，結(jié)果正好證實(shí)了他的想法，兇手一定就是那個人！