在某頒獎(jiǎng)典禮上，攝影師柳瀨因抓拍到火災(zāi)現(xiàn)場(chǎng)而獲獎(jiǎng)，但記者中井突然說(shuō)了一些莫名其妙的話，還往柳瀨身上撒了石灰粉。之后，中井給事務(wù)所打來(lái)電話，說(shuō)自己將要被殺但話還沒(méi)說(shuō)完就被迫中斷，柯南匆忙趕到時(shí)，中井的家中已經(jīng)失火，巧合的是，柳瀨就在對(duì)面拍照片，柯南知道這是有人蓄意為之，他請(qǐng)阿笠博士幫忙找到證據(jù)后，在節(jié)目的錄制現(xiàn)場(chǎng)借小五郎之口揭露真相。

步美生病一人在家休息，就連有電話打進(jìn)來(lái)她也因熟睡也沒(méi)有接聽(tīng)，但過(guò)了一會(huì)兒，步美聽(tīng)到有人撬門(mén)的聲音，不禁想起了前些日子歹徒入室殺人的事情，可她還沒(méi)來(lái)得及報(bào)警，歹徒就破門(mén)而入了，她慌忙躲在床下，用少年偵探的徽章聯(lián)系柯南，因?yàn)椴荒苷f(shuō)話她就用假面超人鬧鐘聲音代替自己傳達(dá)求救訊息，可元太光彥確認(rèn)為步美在惡作劇，柯南會(huì)棄之不理還是解開(kāi)暗號(hào)呢？步美又會(huì)展開(kāi)怎樣的自救？

學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒(méi)請(qǐng)假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長(zhǎng)問(wèn)及此事時(shí)，大家也都避而不語(yǔ)，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動(dòng)的人體模型，窗戶后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級(jí)里突然出現(xiàn)的十幾個(gè)黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個(gè)。

服部和女友和葉受人委托前往鳥(niǎo)取縣傀儡嶺的武田家，但卻在途中迷路，還遇到了一位叫羅伯泰勒的外國(guó)人，這時(shí)，同樣受到武田家的邀請(qǐng)，為他們解開(kāi)傀儡嶺蜘蛛之家謎團(tuán)的柯南等人剛好從旁邊經(jīng)過(guò)，在他們到達(dá)的當(dāng)天晚上，武田家的長(zhǎng)子信一在木偶倉(cāng)庫(kù)的二樓吊死，接著和葉的身后出現(xiàn)了可疑的人影。

尸體被燒焦，根本無(wú)法辨識(shí)他的身份，只能從穿著姑且判斷是蟹江，柯南發(fā)現(xiàn)這具尸體整過(guò)容，并推斷出龜田和鯨井也是葉才三搶劫殺人案的同伙，當(dāng)大伙趕到龜田的房間時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)他也消失不見(jiàn)了，柯南和服部推理出現(xiàn)分歧兩人決定各自行動(dòng)，可在調(diào)查期間服部遭遇危險(xiǎn)，沒(méi)過(guò)一會(huì)兒，甲板上再次響起槍聲，心虛的鯨井決定交代一切，這時(shí)，鯨井突然被不明人士射傷，鮫崎趕到甲板時(shí)卻看到……