八號車廂里的殺人事件已經(jīng)偵破，而有希子與苦艾酒的對峙還沒有結(jié)束，在八號車廂制造火災(zāi)假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計劃的一樣，隨著列車的爆炸苦艾酒的任務(wù)也告一段落，正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團(tuán)一起的小哀，這一切的背后還有所隱藏，前來協(xié)助柯南的究竟是何方神圣？

看起來像是連續(xù)殺人的案件卻被定性為盜竊事件，世良等人對警視廳產(chǎn)生了懷疑，而昴先生也在她們的談話中知道了他現(xiàn)在所住房子的主人便是工藤新一。在園子和世良的慫恿下小蘭打通了新一的電話，感到不妙的柯南急忙躲進(jìn)廁所里，當(dāng)小蘭提到昴先生給新一的留言后柯南恍然大悟，這次案件的真相即將揭曉但柯南的秘密卻被昴先生發(fā)現(xiàn)。

毛利收到的信件上寫著有人要?dú)⒑γ佬g(shù)館館長的內(nèi)容，前去拜訪的柯南等人目睹了好幾次差點(diǎn)讓館長喪命的危機(jī)。而今天前來拜訪的赤座先生已經(jīng)被殺害，懷疑壬生小姐行跡可疑的柯南和小蘭正準(zhǔn)備親自聯(lián)絡(luò)警方的時候卻遭到了襲擊，美術(shù)館里的三個員工是共犯，而館長現(xiàn)在將要面臨危險。

正在進(jìn)行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達(dá)名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對不能以這種摸樣被人殺害。

小五郎一大早便被少年偵探團(tuán)纏上，他們委托小五郎調(diào)查的案件是米花町活動中心的花圃破壞事件，而在調(diào)查過程中與山崎小姐發(fā)生爭執(zhí)的花店老板奧田態(tài)度非常惡劣，因為小咲小姐的緣故小五郎決定介入調(diào)查。當(dāng)眾人晚上再次來到活動中心時花圃已經(jīng)遭到了破壞，在破壞的花圃旁還看見了山崎小姐的尸體，奧田被當(dāng)場抓住，但事件的真相到底是什么呢？