柯南和灰原把撿到的貓還給飼主石上時(shí)，對(duì)面的高利貸事務(wù)所發(fā)生了命案，死者正是事務(wù)所的老板，他的后腦勺因遭到招財(cái)貓的重?fù)舳溃履习l(fā)現(xiàn)吸塵器的集塵袋被人拿走，并且還在沙發(fā)下找到了招財(cái)貓的爪子，警方將出現(xiàn)在現(xiàn)場(chǎng)的村井千佳小姐帶來(lái)，一番詢問(wèn)，村井承認(rèn)了自己的罪行，就在警察準(zhǔn)備帶走犯人時(shí)，柯南將小五郎麻醉道出了這件命案的真兇！

警方仍然將嫌疑犯關(guān)在一起進(jìn)行偵訊，期間秘書(shū)和英文補(bǔ)習(xí)班的老師暫時(shí)離開(kāi)，就在他們離開(kāi)后，柯南掌握到了關(guān)鍵線索，他讓木暮警官準(zhǔn)備四把椅子并對(duì)他們說(shuō)一句“咒語(yǔ)”，到時(shí)候，兇手自然會(huì)露出馬腳，到底是什么樣的“咒語(yǔ)”？?jī)词钟质沁@四名嫌疑人中的哪一個(gè)？與此同時(shí)，明知會(huì)有危險(xiǎn)的赤井秀一還是按照水無(wú)憐奈所發(fā)的地址前去赴約。

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來(lái)到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲(chóng)時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲(chóng)的貨車(chē)到達(dá)。垂水打開(kāi)貨車(chē)上的箱子，螢火蟲(chóng)便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來(lái)。元太為了要抓螢火蟲(chóng)，爬上了貨車(chē)，隨手拿走了貨車(chē)上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲(chóng)時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來(lái)的電話，說(shuō)中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車(chē)內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車(chē)內(nèi)還飛著一只……螢火蟲(chóng)。。。

赤井秀一按照約定來(lái)到會(huì)面地點(diǎn)，水無(wú)憐奈也早已等候在那里，她拔槍直接射穿秀一的肺部，之后又按照今恩的指示朝他的頭開(kāi)槍?zhuān)@時(shí)，巡邏警車(chē)趕來(lái)，水無(wú)憐奈在留下一枚炸彈后匆忙離開(kāi)。當(dāng)FBI得知消息后，爆炸的車(chē)內(nèi)只剩下一具燒焦的尸體，在不暴露秀一身份的情況下，茱蒂確認(rèn)了那具尸體確實(shí)是赤井秀一，雖然損失巨大，卻保住了水無(wú)憐奈。

步美發(fā)現(xiàn)圖書(shū)館的書(shū)被人撕掉了一頁(yè)，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書(shū)卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒(méi)上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫(xiě)有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。