13年前，發(fā)生過的國友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認為有恐高癥的波花不會接近關(guān)口被殺的3層的陽臺，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測出來的未知的指紋更使兇手的身份疑團加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

去趕海的柯南和小哀，阿笠博士和少年偵探團的各位，在那兒結(jié)識了悶悶不樂的大學(xué)生牛込嗣夫。后來，牛込迂的社團成員三瀨隆、八島光枝、久津梢子買東西回來。路上4人的神情十分奇怪、一吃完午飯便回去了。之后，柯南留意到牛込忘了拿耙子，當(dāng)元太等人吧耙子送去給牛込趕到停車場時時卻發(fā)現(xiàn)了牛込已經(jīng)死在車內(nèi)！

中午，昏昏欲睡的柯南和小五郎被樓下的一聲巨響驚醒，趕到現(xiàn)場后發(fā)現(xiàn)一名駕駛摩托車的年輕人出車禍而死，他的旁邊散落著大量現(xiàn)金，柯南還發(fā)現(xiàn)了一封信和一盒裝有注射藥物的盒子，根據(jù)信的內(nèi)容推斷出這是為贖一個叫堂本的人而準(zhǔn)備的現(xiàn)金，警方順藤摸瓜到了堂本家，家人也都肯定了堂本被綁架的事實，柯南從女仆那里了解到堂本家的內(nèi)部關(guān)系后，認定這并不是一起簡單的綁架案。

警方在繩子和藥瓶上發(fā)現(xiàn)的指紋居然不是屋子里任何一個人的，那么就排除了他們犯案的可能，再休息之前柯南建議警察再次對他們每個人的怪癖進行調(diào)查確認，然而，卻并沒有發(fā)現(xiàn)有何異常，案件一度遭遇瓶頸，到底是忽略了哪里的線索？這時，小蘭無意中的一句話提醒了柯南，原來犯案的不止一人。

小五郎和柯南去拜訪人氣作家梅津修時，撞見了他的兒子與他發(fā)生爭吵的畫面，為了避嫌他們就暫時離開，可是到了傍晚，梅津修卻被人毒死家中，他的手中還拿著一個顛倒的笏，就在他們解謎死亡訊息時，目暮警官和兩個關(guān)系人也匆忙趕來，警方還在死者兒子是的身上搜到了毒藥，本以為一切就此結(jié)束，柯南卻發(fā)現(xiàn)了新的線索，他將小五郎麻醉，說出了事情的真相。