藤枝干雄被殺，雖然家中每個(gè)人的反應(yīng)有著微妙的差別，但卻都有不在場證據(jù)。在警方的調(diào)查之后，在妃英理和有希子的推理下判定為內(nèi)部作案。而在有希子詢問了園丁土肥之后眾人又發(fā)現(xiàn)了新的疑點(diǎn)。在父親工藤優(yōu)作的暗示基礎(chǔ)上，柯南了解了兇手作案的手法，而最終有希子在柯南的幫助下揭開了事件的謎底。

柯南、小蘭、小五郎在吃完法國料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車站的吵架現(xiàn)場。而之后那個(gè)中年男子在爭斗中從站臺(tái)掉下下去當(dāng)場死亡。根據(jù)目擊者以及當(dāng)事人的證詞警方都認(rèn)定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場后柯南終于揭開了案件的真相。而兇手也承認(rèn)了因?yàn)榕笥延龅杰嚨湺鴪?bào)復(fù)殺人的事實(shí)。

參加網(wǎng)球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內(nèi)觀光的途中，園子撿到一部手機(jī)。手機(jī)的畫面上是“想要遇見那個(gè)孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機(jī)出現(xiàn)在咖啡店。小蘭無意中聽到兩人的危險(xiǎn)談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進(jìn)行調(diào)查決心已定要組織這場謀殺！

追蹤光彥而來到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時(shí)，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來是組織的成員?？履险嬖V哀光彥來此的目的時(shí)，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時(shí)候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來兩人都只是為了來看螢火蟲。

柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒有打開，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對(duì)？