柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫有奇怪符號(hào)的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號(hào)，按照符號(hào)的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號(hào)的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號(hào)嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？

阿笠博士帶少年偵探團(tuán)來到野外，并交給他們一張地圖讓他們?nèi)ふ覍毑兀飞侠щy重重，但大家不畏艱險(xiǎn)互相扶持，終于接近終點(diǎn)，柯南解開天之水與天之石的暗語，順利找到了藏有寶物的底下通道，這里有兩大袋珠寶，然而在途中碰到過的兩個(gè)行跡可疑的男人突然出現(xiàn)，柯南采用智斗將他們打到后，又發(fā)現(xiàn)了一個(gè)大木箱，這才是阿笠博士想讓他們找到的寶藏。

毛利偵探事務(wù)所來個(gè)叫典子的女人，她拜托小五郎幫她調(diào)查一個(gè)叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿喪服去掃墓的典子，便暗中跟蹤，她離開后，柯南從典子的朋友那里得知，原來此人是典子的男友，但在六月份遇車禍而死，察覺到典子找北川是想復(fù)仇，他趕緊打電話給小五郎，當(dāng)大家趕北川住處時(shí)，典子已至，柯南利用她死去男友最愛的蝦蛄仙人掌讓她放棄復(fù)仇。

當(dāng)晚發(fā)生殺人案件的書房是完全的密室，而屋外的雪地上也沒有腳印。犯人是怎樣到書房的呢？在大家都將兇嫌箭頭指向搞外遇的妻子和情夫時(shí)，柯南卻看出破綻。一樁多年前的恩怨所埋下了憤恨的殺機(jī)的事實(shí)漸漸浮出了水面。最終柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的犯罪手法并將其公之于眾，而兇手也最終承認(rèn)了因?yàn)槊妹玫娜ナ蓝饸⒛畹氖聦?shí)。

柯南注意到這些音符并將其解讀，這時(shí)，當(dāng)?shù)氐睦暇煺f倉庫里有麻生圭二留下來的樂譜，這種重要線索柯南自然不會(huì)放過，他和警察一起去找樂譜，而這期間，一直精神怪異的西本上吊死亡，腳下還留有遺書，柯南推斷出這是他殺，當(dāng)在看到麻生圭二留下來的樂譜后，柯南斷定出了兇手，他利用變聲領(lǐng)結(jié)和廣播室說出真相。