柯南、小五郎和小蘭驅(qū)車去北海道看丹頂鶴，偶然認(rèn)識了飼養(yǎng)丹頂鶴的大伯，他邀請柯南他們?nèi)プ约杭胰胱。蟛牡艿馨⒈崆檎写麄儯驮谶@個(gè)時(shí)候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財(cái)產(chǎn)的事兒而來。之后，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時(shí)候發(fā)現(xiàn)大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據(jù)自己對現(xiàn)場的勘查認(rèn)為兇手另有其人。

柯南和小伙伴們在河里抓魚時(shí)，發(fā)現(xiàn)對面的樓頂有人在射擊河上的氣球，并看到狙擊手像是被人脅迫了一樣，待那些人離開之后，柯南和伙伴們在對面的樓頂找到了留有3135134162數(shù)字的計(jì)算器，之后柯南便對著這些數(shù)字苦思冥想，認(rèn)為求救者留下的162就是指162國道，找到相應(yīng)的路段后，警察布好埋伏，卻不見犯人身影，焦急等待的柯南突然意識到了暗號的真正含義。

某天，小五郎，小蘭和柯南三人走到坂口家時(shí)，討論起了他的愛狗約翰和他八年前自殺的兒子，這是，突然沖出一名女子大喊小剛被約翰殺死，原來是坂口先生拜托小剛在他出差的時(shí)候照顧約翰，可沒想到能釀成這樣的悲劇，柯南在調(diào)查坂口兒子正人自殺的事時(shí)，發(fā)現(xiàn)正人的自殺和小剛有關(guān)，坂口成為最大的嫌犯，可他到底下了什么命令讓約翰襲擊小剛？

這天小五郎帶著小蘭和柯南到外面吃完飯時(shí)巧遇大學(xué)時(shí)代的同學(xué)大村。因?yàn)橛惺律塘克麄円煌搅舜蟠宓墓ⅰＴ谖堇锖炔枵f話時(shí)，窗戶玻璃突然碎了而在樓下的馬路上突然有個(gè)男人倒地身亡。在警方調(diào)查下發(fā)現(xiàn)死者生田是在和同學(xué)聚會的途中出去后死亡的。而在勘察了現(xiàn)場之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人使尸體自動摔下的手法并以小五郎的聲音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最終承認(rèn)了罪行并坦白了自己殺人的原因。

小川醫(yī)生這兩年來不斷收到未署名的錢和玩具，實(shí)在是不知道來歷，于是前往毛利偵探事務(wù)所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實(shí)是中古品，而小蘭也因此開始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫(yī)生工作的醫(yī)院調(diào)查過程中看到柯南翻閱病例的小蘭對柯南的懷疑也進(jìn)一步加深。最終柯南在千鈞一發(fā)之際成功解救了小川醫(yī)生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。