小蘭、柯南、服部以及和葉一行四人去看魔術師星河童吾的奇幻魔術秀，在表演水中脫逃的時候，和葉和小蘭以為魔術失敗，便沖向舞臺準備救人，卻沒想到這只是為了營造舞臺效果而做的表演。為表歉意，和葉和小蘭來到后臺，并在這里遇到范田和姬宮，原來他們都是十年前失蹤的魔術師正影的弟子，之后，他們四人受邀來到了正影家，可就在這短短的時間內竟然發(fā)生了命案。

阿笠博士帶少年偵探隊一起去露營，就在柯南和灰原討論黑暗組織的事時，原本撿木材的元太等人氣喘吁吁的跑回來說發(fā)現(xiàn)了一個刻有字的石燈籠，于是柯南等人隨他們來到發(fā)現(xiàn)石燈籠的大宅院，沒想到他們又在這里發(fā)現(xiàn)了一具被人勒死的尸體，這里到底發(fā)生過什么？柯南將石燈籠暗號破解，居然是關于寶藏的信息。

為了做天體觀測，阿笠博士帶著少年偵探隊來到一個坐落在深山里的旅館，期間結識了旅館老板天土，以及應邀而來的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準備上山看星星的時候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當晚，二川的尸體被少年偵探隊發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。

柯南等人掉落屋低之后，發(fā)現(xiàn)這個別館的地下居然是一個巨大的迷宮，大家團結一致將衣服拆開，利用毛線引導道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結束時間只有三個小時，這時，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應的位置，寶藏的所在也顯現(xiàn)出來，這時，時鐘不顧一切的沖向寶藏，他到底是什么人？

少年偵探隊放學去游戲軟體公司詢問第二天新游戲發(fā)售的事情，沒想到元太因為著急想上廁所而沖進了董事長的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長很是緊張，因為碟片里是他殺人的影像，柯南碰巧看到董事長追元太等人的時候身上帶了手槍，意識到元太他們有危險，便在董事長身上裝了竊聽器，他聽到董事長讓一個叫BEE的人追殺元太，這個BEE到底是誰？元太他們又能否成功脫險？