受宿里村村長之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達旅店后，通過與其他幾位考古學(xué)家和歷史學(xué)家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發(fā)生過塌方事故，其中一位外國挖掘隊員在彌留之際寫下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說中極為兇猛的怪獸。飯后當(dāng)眾人準(zhǔn)備回房休息，平次卻突然發(fā)現(xiàn)門前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過程中，卻發(fā)現(xiàn)了倒在血泊中已經(jīng)喪命的歷史學(xué)家。

柯南從無人機上墜落后便失去了犯人的線索，就在眾人一籌莫展的時候佐藤警官打來電話，她稱發(fā)現(xiàn)了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人卻反被挾持，柯南和高木等人趕到后協(xié)力制服了犯人，但手提包內(nèi)的1億日元卻不翼而飛。另一方面，本該被綁架的麻奈美小姐正在美術(shù)館欣賞裕之的作品，而這背后到底是誰在搞鬼？

建太去撿球時透過窗戶發(fā)現(xiàn)了一個人身受重傷靠在沙發(fā)上，待大家發(fā)現(xiàn)后檢查傷者已經(jīng)死亡?？履喜徽J為這是起意外事件，因為客廳里還躺著另外一名死者。經(jīng)警察調(diào)查后得知受傷死者是房地產(chǎn)老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的員工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合開除，警察推測這可能是柴田的殺人動機。事件發(fā)生時河合的妻子優(yōu)子正在家中二樓睡覺，沒有聽到樓下的打斗聲，這件事讓柯南起了疑心。

一直被大家遺忘在家中的狗引起了柯南與平次的注意，二人很快就洞察了這一系列殺人事件的作案手段。平次委托村長告訴眾人他已經(jīng)得知了鵺的真面目，并在庭院內(nèi)為眾人重新演示了一遍案發(fā)當(dāng)日的情形。在二人的推理下真相終于浮出水面，兇手成功被警方抓獲。當(dāng)案件塵埃落定后，平次終于鼓起勇氣準(zhǔn)備向和葉告白……

日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非常苦惱。舞濱龍二是文學(xué)家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據(jù)目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說靈岸先生被害那晚他正在自家附近實施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點。靈岸家與舞濱家距離有一個多小時的車程，舞濱龍二到底是怎么錯過時間差實施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。