柯南三人在去郊游的路上聽(tīng)到一聲慘叫，趕到現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)一名男子痛苦的躺在地上垂死掙扎，不一會(huì)就氣絕身亡，在他的旁邊有一瓶卡滋曼，化驗(yàn)結(jié)果顯示，這名男子是中毒而死，有名警員說(shuō)這個(gè)人是米花之狼，曾跟蹤一個(gè)女孩子。警方找到這個(gè)叫西谷的女孩，詢問(wèn)后并未發(fā)現(xiàn)異常，但柯南認(rèn)為案件定有蹊蹺，經(jīng)過(guò)反復(fù)調(diào)查和設(shè)想，他終于明白了犯人的作案手法。

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見(jiàn)了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽(tīng)到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開(kāi)新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車(chē)廂后，柯南對(duì)車(chē)廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無(wú)頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

這個(gè)從天而降死亡的人是江源，但從領(lǐng)結(jié)和皮帶等細(xì)節(jié)可以看出暗夜公爵并不是江源，警察去江源房間搜查時(shí)，發(fā)現(xiàn)房門(mén)居然上有防盜鎖，兇手把江源推下后是怎么逃脫的？在警察對(duì)其他人偵訊時(shí)，暗夜公爵將看守江源尸體的空手道高手打昏，還出現(xiàn)在了柯南、小蘭和佐山面前，并完全躲開(kāi)了小蘭攻擊，難道說(shuō)兇手就是……

小蘭的同學(xué)直子被綁架，當(dāng)歹徒發(fā)現(xiàn)有警察時(shí)，便放棄交易開(kāi)車(chē)沖進(jìn)海里，直子再次下落不明，直子父親的秘書(shū)花井很是擔(dān)心。某日，小五郎突然接到不要在調(diào)查此事的要求，柯南察覺(jué)事有蹊蹺，暗暗潛入直子家后聽(tīng)到了花井和直子爸爸的談話，原來(lái)直子的爸爸再次接到歹徒電話，但他卻不愿花五億保女兒的性命，這讓花井很生氣，柯南躲在后備箱里，跟著他們來(lái)到交易場(chǎng)所，見(jiàn)到了所謂的「歹徒」。

一群人為長(zhǎng)門(mén)會(huì)長(zhǎng)慶祝生日的時(shí)候，他的女婿光明不知被何人襲擊發(fā)出慘叫，此時(shí)大家在樓下的陽(yáng)臺(tái)上看到長(zhǎng)子秀臣口中含刀，當(dāng)大家趕到時(shí)，光明已被推到鐵欄桿外面氣斷身亡，案發(fā)之后的第二天，警方在池塘底部發(fā)現(xiàn)秀臣，看似自殺的尸體留下一封遺書(shū)，而且他違背常理的衣服，透露出秀臣是在案發(fā)前就被人毒害投入池塘中。