根據(jù)圖畫書中的線索，柯南等人得知還有其他炸彈存在。目暮警官馬上出動全體警力前去搜查，不料卻發(fā)現(xiàn)其余的炸彈都只是爆炸犯捉弄警方的惡作劇，而真正的炸彈早已按照計(jì)劃在指定地點(diǎn)爆炸。正當(dāng)調(diào)查一籌莫展時(shí)，目暮警官突然接到匿名電話報(bào)警，稱自己發(fā)現(xiàn)了爆炸犯的藏身之處。而正當(dāng)眾人趕往此地時(shí)，據(jù)稱是犯人居住的地方卻再一次發(fā)生了爆炸……

千葉警官在警局四處詢問有關(guān)“不明飛行物”的線索，卻毫無所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽奈的女高中生來到毛利事務(wù)所，委托小五郎調(diào)查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發(fā)生殺人案件，這兩者是否有聯(lián)系？

警方開始調(diào)查啤酒王子南北家O太郎的死因，大家都有不在場證明，小五郎斷言這是一場意外事故。但警方卻從Q次郎的尸檢報(bào)告中發(fā)現(xiàn)了疑點(diǎn)，經(jīng)檢查發(fā)現(xiàn)Q次郎尸體肺部里的水并不是池塘水而是自來水，而O太郎的房間里發(fā)現(xiàn)了監(jiān)聽器，上面還有Q次郎的指紋。更令人驚訝的是桌子上留下的指紋是O太郎的，而這指紋竟然與七年前搶劫殺人案犯人留下的指紋是一致的。

外出露營的少年偵探團(tuán)為了避雨來到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知?jiǎng)e墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ溃兄魅藙t認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。

鈴木集團(tuán)舉辦的熱氣球大賽引來了很多參賽選手，冠軍獎(jiǎng)金高達(dá)1000萬日元，蟬聯(lián)兩屆冠軍的水口先生今年帶著太太一起參加了比賽，賽前他和奧田先生發(fā)生了爭執(zhí)。比賽中，奧田先生撞上了水口先生的熱氣球，在墜落過程中水口太太墜落身亡，發(fā)生的這一切看似只是一場事故，但柯南卻從熱氣球的殘骸中看出了端倪。