千葉警官在警局四處詢問(wèn)有關(guān)“不明飛行物”的線索，卻毫無(wú)所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來(lái)的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽(yáng)奈的女高中生來(lái)到毛利事務(wù)所，委托小五郎調(diào)查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發(fā)生殺人案件，這兩者是否有聯(lián)系？

柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開(kāi)玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開(kāi)門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

喜歡刁難人的管理員并沒(méi)有告訴由美等人過(guò)多的線索，柯南結(jié)合能夠得到的信息一步步推敲終于有了結(jié)果，輸入密碼后筆記本電腦只是切換到了前置鏡頭，而那封裝有結(jié)婚登記表的信封早已被管理員塞回了由美的上衣口袋里。就在眾人打算去比賽會(huì)場(chǎng)時(shí)秀吉打來(lái)了電話，他告訴由美可以丟掉信封，因?yàn)樾氖轮刂氐乃呀?jīng)輸?shù)袅吮荣悺?/p>

柯南和平次傳來(lái)歷史學(xué)家的死訊，眾人陷入恐慌，并認(rèn)為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學(xué)家主動(dòng)要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長(zhǎng)詢問(wèn)細(xì)節(jié)，院子卻突然再次著火，與此同時(shí)樓上的考古學(xué)家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房?jī)?nèi)，待柯南等人趕到時(shí)已經(jīng)喪命。經(jīng)過(guò)一番調(diào)查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

音樂(lè)人波土祿道發(fā)表了新歌并準(zhǔn)備召開(kāi)演唱會(huì)，柯南等人約定一起去看波土的彩排表演。來(lái)到表演廳外的眾人偶遇了波本和小梓，卻被工作人員通知表演臨時(shí)取消。正當(dāng)眾人在表演廳外交談時(shí)，前來(lái)做消防檢查的警察卻突然發(fā)現(xiàn)波土祿道被吊死在了舞臺(tái)正中央……