當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開(kāi)了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過(guò)程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過(guò)其他手段將搜集來(lái)的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無(wú)疑就是在向黑暗組織昭示水無(wú)憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無(wú)憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

30年前，莊堂胡桃被一位少年從車禍中救回一命，如今，她想把偶然中得的一億獎(jiǎng)金轉(zhuǎn)送給自己的恩人，線索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海灘的記憶，期間，有兩名男子前來(lái)認(rèn)領(lǐng)，為了辨認(rèn)誰(shuí)才是正牌貨，柯南他們來(lái)到了莊堂家，沒(méi)想到在這里碰到了正在追查快要超過(guò)追訴期的殺人案的目暮警官，因?yàn)槟敲麅词稚砩弦灿幸坏纻邸．?dāng)晚，小五郎泡澡的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)管家保谷泰輔背上有一道傷痕，胡桃回憶中的少年究竟是誰(shuí)呢？

小五郎的朋友向日葵酒吧的老板井上弘子意外被人殺害，當(dāng)他和柯南趕到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)時(shí)，弘子的男朋友高岡明已守在尸體旁邊，目暮警官等也展開(kāi)了調(diào)查，據(jù)周圍人所說(shuō)，在案發(fā)期間并沒(méi)有人出入死者所在的公寓，并且嫌疑人高岡明當(dāng)時(shí)也有充分的不在場(chǎng)證明，就在警方斷定這是起入室搶劫殺人事件時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵線索，他重新推斷死亡時(shí)間，并斷言這里并非案發(fā)的第一現(xiàn)場(chǎng)。

FBI的所有警員立刻將送至各個(gè)病房的炸彈進(jìn)行回收，就在這時(shí)，水無(wú)憐奈出現(xiàn)在電視上，為一探究竟，所有搜查員都聚集到水無(wú)憐奈的病房，卻發(fā)現(xiàn)她好好的躺在那里，而這其實(shí)才是黑暗組織的目的，他們?cè)谡◤椛线€安裝了發(fā)訊器，這樣一來(lái)水無(wú)憐奈的位置一目了然。既然已經(jīng)暴露，那就只能立刻將她轉(zhuǎn)移，為混淆視聽(tīng)，F(xiàn)BI派出了三輛車，但即便如此今恩還是做出了判斷。

服部、和葉來(lái)到東京與柯南他們賞櫻的時(shí)候，一名來(lái)自升岳寺的小和尚突然找到小五郎拜托他調(diào)查一件古怪的事情，他說(shuō)幾天前寺里來(lái)的一個(gè)女施主腹部刺傷血流遍地的倒在別館里，但當(dāng)他叫師父和警察來(lái)時(shí)，屋內(nèi)卻空空如也。于是，柯南，服部等人一同前往調(diào)查，除了在屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)耳環(huán)固定夾再?zèng)]有別的線索，就在他們離開(kāi)之前小和尚傳久說(shuō)屋里又有女尸，待柯南趕到時(shí)，卻什么也沒(méi)有，難道這都是傳久的幻覺(jué)？