參加網(wǎng)球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內(nèi)觀光的途中，園子撿到一部手機(jī)。手機(jī)的畫面上是“想要遇見那個孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機(jī)出現(xiàn)在咖啡店。小蘭無意中聽到兩人的危險談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進(jìn)行調(diào)查決心已定要組織這場謀殺！

藤枝干雄收到暗殺的威脅，為了阻止暗殺找來了小五郎，而委托的酬勞竟然是1千萬日元！但在事件解決之前小五郎居然用掉了五百萬日元，之后因?yàn)闊o力阻止暗殺，最終分居中的妻子妃英理代替他去了委托人那里。而同時到達(dá)那里的還有柯南的母親工藤有希子！而此時通過監(jiān)視器眾人發(fā)現(xiàn)獨(dú)自在房間里的藤枝竟然倒地不起！沖過去之后發(fā)現(xiàn)藤枝干雄已經(jīng)死亡。

追蹤光彥而來到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來此的目的時，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來兩人都只是為了來看螢火蟲。

出席熊本網(wǎng)球大會的柯南他們，大會當(dāng)日小蘭被誘拐。柯南回想小蘭電話中內(nèi)容判斷出小蘭現(xiàn)在咋橫濱并在獲悉園子所拾到的手機(jī)中接收到的兩條短信的內(nèi)容后，知道內(nèi)容來自倉庫。在救出小蘭之后眾人發(fā)現(xiàn)立川的目的。頒獎典禮上立川果然當(dāng)中刺殺成增先生。在來苑子的說服下，最終立川放下手中的刀，放棄了這種極端的復(fù)仇之路。

受園子的邀請，柯南、蘭、小五郎到輕井澤游玩。因?yàn)樵谏种忻粤寺罚詻Q定在山里的一軒家借宿。在那里，遇見了白天見到的網(wǎng)球教練明石寬人。但是，夜里，卻發(fā)現(xiàn)了寬人的父親巖夫上吊的尸首。在柯南的提示下，警官也發(fā)現(xiàn)從尸體嘴里留下的不正常血跡。之后眾人還得知了石明三年前妻子去世的事情。而明石身上的疑團(tuán)也越來越多。