前往海邊釣魚的柯南等人，在和代替阿笠博士來迎接他們的沖矢昴一起回去的路上，順道去了有著神奇?zhèn)髡f的一角巖參觀，在這里大伙兒看到巖石上面刻著“青魚、鯉魚、鯛魚和比目魚”四種魚名并且還發(fā)現(xiàn)了一名身穿潛水服的女性遺體，雖然狀似意外脫水而亡但這卻瞞不過柯南的眼睛，根據(jù)口紅和調(diào)節(jié)器他推斷出這是一起殺人事件。

就在光彥撥通報(bào)警電話之時(shí)，檢查的工人以小哀作為威脅，沒有辦法下光彥掛斷了求救電話。犯人們商議著要放棄贖金處理掉一切，少年偵探團(tuán)的各位陷入了危機(jī)，就在這時(shí)步美注意到柯南發(fā)出的信號，按照指示給依次給步美，柯南，元太和阿笠博士的手機(jī)打電話來分散犯人的注意力，但因?yàn)槁曇籼蠓炊l(fā)了犯人的注意。而此時(shí)犯人也發(fā)現(xiàn)了孩子們的計(jì)謀開始尋找光彥他們，柯南利用麻醉槍也終于制符了犯人們。

柯南并沒有從步美找到的照片中發(fā)現(xiàn)重要的線索，便將破案的關(guān)鍵再次鎖定日記，仔細(xì)反復(fù)查看之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的端倪，于是，他再次來到琴房確認(rèn)自己的發(fā)現(xiàn)，沒想到步美等人放在門口的背包不翼而飛，而且大家還注意到了鋼琴旁邊凳子的變化，一切如柯南所料，他讓步美、元太和光彥等人高唱?dú)g快的歌曲，果然將躲在黑暗中悄悄觀察他們的人揪了出來。

阿笠博士帶柯南他們一起去吃回轉(zhuǎn)壽司的時(shí)候，遇見了一個(gè)讓人反感的客人我妻，他不僅挖苦元太和周遭的客人，而且還與這里的店長發(fā)生爭執(zhí)，當(dāng)柯南他們準(zhǔn)備離開這種不愉快的氛圍時(shí)，我妻突然十分痛苦的倒地不起，柯南立刻判斷出他是被人毒殺，有三個(gè)曾與死者有過節(jié)的人成為了首要懷疑對象，然而警察并未從他們身上到隱藏的毒藥，兇手到底是誰？他又是如何讓我妻拿到沾有毒藥的盤子？

小五郎受邀來到Nijimura品牌店，卻正好目擊社長仁地村被人綁架的畫面。社長的妻子兼副社長沙希，按照綁架犯的要求帶著一億贖金搭電車解救人質(zhì)，就在電車開往中戶呂鐵橋的時(shí)候，沙希按照指示將包包從窗戶丟到河里，而此刻正趕上泄洪，包包隨著增加的河水被沖走，待警方在五公里外的河岸發(fā)現(xiàn)時(shí)，贖金已經(jīng)被犯人拿走，而社長仁地村也被殺害。雖然事情已經(jīng)結(jié)束，但柯南和小五郎卻重返現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查，并發(fā)現(xiàn)……