新一請小蘭到米花中心大樓的高級餐廳吃飯，而且還表示有重要的事情要告訴小蘭，可是卻遲遲說不出口。就在此時突然傳出有人尖叫，原來是在電梯里面發現一名遭到槍殺的屍體。死者是在同大樓開電玩公司的社長辰巳泰治。知道新一對殺人案很好奇的小蘭，叫新一先去破案再說。當新一趕到現場時，警方已經到達，并且認為應該是為了搶錢而殺人。可是就只有新一認為案件沒這麼單純...

茶木警官讓所有賓客互相做暗號，防止基德混入其中，這時，船內突然暗了下來，光束中基德出現，鈴木夫人毫不猶豫開槍射向他，一片混亂中，鈴木夫人解釋這是她請來的真田魔術師，小蘭在紙牌魔術中抽到了基德的留言，而這時一顆顆散落的珍珠在地上爆炸，賓客們躁動不安，戴在鈴木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉著小蘭來到機房說他已知道誰是基德……

打棒球時，元太不小心傷到一名流浪畫家，送到醫院檢查才知道他失去了記憶，后來畫家悄悄離開。幾日后，畫家的尸體被發現，為調查真相，少年偵探團出動，他們按照畫家的素描找到了一戶叫早瀨的家中，主人熱情招待這群孩子，柯南留意到這位夫人丈夫的遺像和死者很相像，進一步調查后，他將銀杏、窗戶、燒焦的痕跡、帶眼鏡的被害者、墻壁上的畫串聯起來，沒錯！兇手就是她。

柯南去體育俱樂部館參觀時，正巧看到水上運動的西條、成瀨和木島發生爭執的一幕，而體育俱樂部負責人佐伯和跳水代表西條也存在著某些不愉快。當晚，小五郎接到目暮警官的電話說西條死亡，因為沒找到什么有用的線索，警方準備以意外死亡結案，可是柯南注意到這是件謀殺案，柯南找到目擊證人并從他的繪畫中看透事情的真相，兇手一定就是那個人。

少年偵探團在兒童跑腿活動中，充當活動記錄。一行人跟在兒童小宏后面攝影，可是小宏總是亂跑，期間還曾跑進過，一幢將要拆掉的廢棄大樓里，小宏在躲過了兩次人為制造的意外后，被人擄走，柯南從記錄的中發現了蛛絲馬跡，他們來到廢棄大樓，并在地下室找到了小宏和一具尸體，這時，兇手將少年偵探團關到樓中，而外面拆除大樓已經開始，少年偵探團能否逃過一劫？