在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時，少年偵探團的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當家的助手長瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當柯南反應(yīng)過來時身邊的伙伴們都消失不見，獨自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

巧克力甜點師辻元先生在世界大賽上獲獎的巧克力讓小蘭和園子非常期待，而辻元和他的美女店鋪設(shè)計師真悠子小姐的浪漫愛情也讓很多人憧憬。鈴木財團的協(xié)助讓辻元的店鋪將在明天開業(yè)，而園子和小蘭則是這個店鋪的第一組客人，在辻元展示自己獲獎的作品時發(fā)生了意外，這并不是一起普通的事故，柯南已經(jīng)看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隱情。

揭開暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團看完電影后往家趕，在電車上他們看到遠方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達現(xiàn)場后目擊墜落的時間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長時間，為了找出案情的真相柯南立即對案發(fā)的大樓展開了調(diào)查。

柯南與伙伴們一起搭乘上了鈴木號特快車參加活動，位于八號車的伙伴們神情非常詭異，車廂里舉辦的是推理游戲，柯南和少年偵探團等人也順勢參加，而小哀能夠清楚的感受到暗地里接近她的黑影，正在進行的推理游戲竟然轉(zhuǎn)變成了真正的密室殺人事件，柯南能從人群中揪出兇手來嗎？

這起靈異殺人事件所用到的手法柯南和平次基本都清楚了，在他們?yōu)榇蠹医沂玖诉@些看似詭異的手法后又發(fā)生了命案，這次被害的是消失已久的長女。案件又陷入了謎團，擔心被害的人們都躲在自己的房間里，而女仆小光的一個提示讓柯南和平次找到了新的線索，但他們現(xiàn)在還缺少決定性證據(jù)。