柯南、小蘭與小五郎因車(chē)子沒(méi)油了，得到木山家具社長(zhǎng)馬島的款待。社長(zhǎng)家的宅院每天會(huì)流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀(jì)念1號(hào)店，聚集了眾多相關(guān)者開(kāi)宴會(huì)。而從設(shè)計(jì)石庭的前社長(zhǎng)的兒子、木山智則開(kāi)始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現(xiàn)馬島社長(zhǎng)死在了石庭的中央！

柯南等人在警視廳鑒證連續(xù)發(fā)火現(xiàn)場(chǎng)遺留的紅馬現(xiàn)場(chǎng)照片，發(fā)現(xiàn)其中1張紅馬上有“兔”字，由此推出“紅馬”是三國(guó)志中出現(xiàn)的赤兔馬。另一方面，古董品店長(zhǎng)玄田隆德到訪諸角宅，由于他打算送給諸角亮子的塑像是騎乘著赤兔馬的關(guān)羽，玄田的名字引起了搜查線上的注意。在一系列的推理調(diào)查之后玄田被捕了，但柯南和平次卻發(fā)覺(jué)了這其中的異樣。最終在柯南和平次的聯(lián)手調(diào)查下犯人的真面目慢慢浮出水面。

爆炸接二連三的發(fā)生，必須要快點(diǎn)抓住歹徒，于是少年偵探隊(duì)又仔細(xì)看了一遍錄影帶，然而依然沒(méi)有任何收獲，柯南不得不重新思考并試圖去揣摩歹徒的心理，這時(shí)，他好像突然想到了什么便沖出警局直奔光彥當(dāng)時(shí)拍攝時(shí)所站的郵筒，確定了自己的推測(cè)后，柯南讓少年偵探隊(duì)找到附近其他的郵筒，這起爆炸案到底和郵筒有什么關(guān)系？

警察局的小五郎案件調(diào)查被盜。迷般的黑色神秘組織也許就在附近。柯南懷疑杯戶市酒店也許還有皮斯克的同伴，收集情報(bào)的美國(guó)女演員克麗絲。同時(shí)柯南與平次為刺探可疑的外國(guó)女性、英語(yǔ)教師朱蒂的情報(bào)，一起去朱蒂的家里。就在這時(shí)從公寓上有名男性墜樓。就在暮目警官準(zhǔn)備以自殺事件結(jié)案的時(shí)候平次指出了他殺的證據(jù)。

小蘭在英語(yǔ)課上開(kāi)小差后被老師朱蒂發(fā)現(xiàn)，看到了『×』的標(biāo)記，但卻不知其意。放學(xué)后，園子同朱蒂與柯南一起去咖啡店。突然大廈內(nèi)停電，咖啡店邊的電梯發(fā)現(xiàn)男性的尸體。是誰(shuí)被殺了，而在死者隨身帶著的資料帶上有用血書(shū)寫(xiě)的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示嗎，柯南發(fā)現(xiàn)死亡信息的不同之處，是否解開(kāi)了死亡信息的謎題？