柯南從無(wú)人機(jī)上墜落后便失去了犯人的線索，就在眾人一籌莫展的時(shí)候佐藤警官打來(lái)電話，她稱發(fā)現(xiàn)了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人卻反被挾持，柯南和高木等人趕到后協(xié)力制服了犯人，但手提包內(nèi)的1億日元卻不翼而飛。另一方面，本該被綁架的麻奈美小姐正在美術(shù)館欣賞裕之的作品，而這背后到底是誰(shuí)在搞鬼？

毛利一家大早上就來(lái)到了白羅咖啡廳，安室特制的蛋糕是店里的招牌，但打開冰箱后卻發(fā)現(xiàn)蛋糕融化了。少年偵探團(tuán)聽(tīng)到柯南在白羅咖啡廳便全跟了過(guò)來(lái)，得知蛋糕融化后他們都很失望，為了讓伙伴們吃到安室的蛋糕柯南準(zhǔn)備著手調(diào)查此事，經(jīng)過(guò)了幾天的監(jiān)控他們并沒(méi)有找到原因，這起蛋糕融化事件的真相到底是什么？

半年前毛利小五郎去杯戶北町工作時(shí)，碰巧遇到了一起事件。名為桐崎禮美的女性被發(fā)現(xiàn)吊死在自己的公寓中，因?yàn)榉繓|和桐崎的鄰居惠小姐都能證明她有自殺的傾向，外加她還留有一封遺書，所以事件被當(dāng)做自殺處理。桐崎的死讓惠小姐非常自責(zé)，而小五郎的話讓她重新振作了起來(lái)，為了感謝小五郎才有了今天的約會(huì)，但在約會(huì)中柯南卻看出那起案件的隱情。

利用步美找到的暗號(hào)解讀表，柯南本以為能順利解開暗號(hào)，不料卻遇到了瓶頸。正當(dāng)此時(shí)，若狹老師再次拜托少年偵探團(tuán)前往舊倉(cāng)庫(kù)尋找石灰。來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)的眾人發(fā)現(xiàn)倉(cāng)庫(kù)一片狼藉，在若狹老師不經(jīng)意的提示下，柯南終于解開了暗號(hào)的含義，并推測(cè)犯人將再次來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)。為了避免打草驚蛇，柯南設(shè)計(jì)誤導(dǎo)犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)，柯南能否順利將犯人一網(wǎng)打盡？

毛利小五郎收到了一本未出版的圖畫書，柯南發(fā)現(xiàn)書上的內(nèi)容與近日發(fā)生的爆炸案有關(guān)。目暮警官得知此事后，帶著圖書作者的編輯趕到了現(xiàn)場(chǎng)。根據(jù)編劇所言，圖書作者已因病去世，而引發(fā)爆炸案的嫌疑人正是圖書作者的哥哥。通過(guò)書上的線索，柯南和毛利小五郎找到了藏匿在公園的炸彈，并被告知還有其他炸彈存在，柯南能否化險(xiǎn)為夷找出其余的炸彈？