小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時(shí)，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當(dāng)所有的嫌疑都指向和水杯有關(guān)系的館岡和中山時(shí)，塩田卻搖頭否認(rèn)，期間小五郎意外受傷而離開。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

在銀行的出租保險(xiǎn)箱里面，躺著銀行員工園田真知子的屍體，而且外面的鐵門還拉下，在外面還貼了一張報(bào)警就會(huì)引爆炸彈的紙。新一先將屍體跟室內(nèi)的狀況拍攝下來，并且要小五郎確認(rèn)倒在里面的女子是不是真知子。小五郎表示突然接到真知子的電話，請(qǐng)他到銀行來說有事情跟他商量，可是當(dāng)他到銀行時(shí)，真知子就已經(jīng)倒在里面...

毛利偵探事務(wù)所來個(gè)叫典子的女人，她拜托小五郎幫她調(diào)查一個(gè)叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿喪服去掃墓的典子，便暗中跟蹤，她離開后，柯南從典子的朋友那里得知，原來此人是典子的男友，但在六月份遇車禍而死，察覺到典子找北川是想復(fù)仇，他趕緊打電話給小五郎，當(dāng)大家趕北川住處時(shí)，典子已至，柯南利用她死去男友最愛的蝦蛄仙人掌讓她放棄復(fù)仇。

柯南、小五郎和小蘭驅(qū)車去北海道看丹頂鶴，偶然認(rèn)識(shí)了飼養(yǎng)丹頂鶴的大伯，他邀請(qǐng)柯南他們?nèi)プ约杭胰胱。蟛牡艿馨⒈崆檎写麄儯驮谶@個(gè)時(shí)候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財(cái)產(chǎn)的事兒而來。之后，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時(shí)候發(fā)現(xiàn)大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據(jù)自己對(duì)現(xiàn)場(chǎng)的勘查認(rèn)為兇手另有其人。

經(jīng)過小五郎和警察和志的勘查，推斷出由美并非自殺而是他殺，小五郎也下定決心要為由美報(bào)仇親手揪出犯人，并將目標(biāo)鎖定在阿淳、和志、行雄和紀(jì)子剩下的朋友中，這時(shí)，阿淳說自己曾在五點(diǎn)的時(shí)候看到過由美，案件出現(xiàn)了矛盾，死于下午三點(diǎn)的由美怎會(huì)在五點(diǎn)的時(shí)候出現(xiàn)，這到底是鬼魂還是兇手為了蒙蔽大家采取的手段？