小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見(jiàn)了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽(tīng)到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開(kāi)新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車(chē)廂后，柯南對(duì)車(chē)廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無(wú)頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時(shí)，因?yàn)槊月泛捅ケ焕г谏缴希@時(shí)又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這里除了主持以外還有四個(gè)修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳說(shuō)。第二天，寬念在修行的房間發(fā)現(xiàn)了主持被吊在房梁上的尸體，而同樣的事情曾在兩年前也發(fā)生過(guò)。

園子邀請(qǐng)柯南和小蘭到家中別墅度假而富澤財(cái)閥的別墅也建在旁邊。當(dāng)晚別墅突然停電而向外看時(shí)，柯南眾人正好目擊到富澤的父親被殺害的現(xiàn)場(chǎng)，凌子看到兇手的樣子，犯人竟然是死者的兒子熊三！在警方逮捕熊三時(shí)發(fā)現(xiàn)剛剛到達(dá)的老大和老二和熊三面貌竟然一模一樣。但在柯南的調(diào)查下最終鎖定了犯人并已園子的身份揭露了犯人的身份。

毛利偵探事務(wù)所來(lái)個(gè)叫典子的女人，她拜托小五郎幫她調(diào)查一個(gè)叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿喪服去掃墓的典子，便暗中跟蹤，她離開(kāi)后，柯南從典子的朋友那里得知，原來(lái)此人是典子的男友，但在六月份遇車(chē)禍而死，察覺(jué)到典子找北川是想復(fù)仇，他趕緊打電話給小五郎，當(dāng)大家趕北川住處時(shí)，典子已至，柯南利用她死去男友最愛(ài)的蝦蛄仙人掌讓她放棄復(fù)仇。

柯南和小蘭受邀請(qǐng)一起去參加初中老師松本的婚禮，沒(méi)想到婚禮還沒(méi)有開(kāi)始老師就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老師有一個(gè)習(xí)慣，就是非常喜歡喝檸檬茶，因?yàn)槟鞘撬r(shí)候的初戀情人最常拿給她喝的飲料。而犯人正是在檸檬茶里下毒來(lái)毒害松本的。在觀看了錄像之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的目的，最后柯南讓兇手現(xiàn)出原形，但是卻也道出了一段令人心酸的往事。