傳說中的幽靈鬼屋里住進(jìn)了一個(gè)奇怪的大叔，但當(dāng)柯南他們趕去調(diào)查時(shí)看見的卻是整齊的庭院。不幸的是這個(gè)整理庭院的大叔第二天就因病去世了，在庭院門口，少年偵探團(tuán)遇到了前來取畫的畫商并從他的口中得知住在這里的人是畫家和田，可是大家找遍了房子也沒能找到畫作，就在他們要放棄之時(shí)，來了兩名前來看畫的客人，而這個(gè)人正是和田失憶的阿姨，為了讓疼愛自己的阿姨恢復(fù)記憶，和田到底創(chuàng)作了怎樣一幅畫？

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲的貨車到達(dá)。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來的電話，說中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲。。。

小五郎一行人駕車來到杯戶中央橋卻并沒有任何發(fā)現(xiàn)，這時(shí)，園子突然打來電話，小蘭從園子那里得知了板垣樂隊(duì)的標(biāo)志正是釘子，于是一行人又來到了附近的紋身店，并從顧客所留的照片中將嫌疑鎖定在三個(gè)身上，如今有關(guān)鋸子和釘子的線索都得到了解釋，那目擊者所看到的錘子又是什么呢？注意到對(duì)面的大樓后，柯南知道所謂的錘子，在他的提示下小五郎找到了兇手。回家路上，柯南洞察到了本堂瑛佑的意圖，他到底是什么人？

著名畫家及川武賴四部曲作品當(dāng)中的最后一幅《青嵐》被怪盜基德盯上，柯南、小五郎也因此被請(qǐng)到了及川府，然而那幅畫竟然在設(shè)有監(jiān)視器的畫室里瞬間消失不見，與此同時(shí)，及川的岳父風(fēng)景畫大師神原也被發(fā)現(xiàn)死在這個(gè)房間內(nèi)，難道兇手是從不殺人的基德？之后及川在柯南的后衣口袋中發(fā)現(xiàn)了基德留下的卡片，但柯南一眼就看穿了他的把戲，并推斷出基德就在四名警察之中。

步美發(fā)現(xiàn)圖書館的書被人撕掉了一頁(yè)，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。