在幫純子小姐調(diào)查入室偷竊的時(shí)候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是純子小姐的鄰居北上先生，初步判斷為酗酒墜樓，但在高木警官調(diào)查附近鄰居時(shí)柯南看出了端倪。所調(diào)查的房間里柯南看到了幾處線索，這些都可以說(shuō)明北上并非意外墜亡，但是柯南還是沒(méi)有找到關(guān)鍵的證據(jù)，小五郎在電梯里整理儀容時(shí)柯南突然明白了什么。

為了和靈魂偵探堀田凱人進(jìn)行對(duì)談，柯南跟著毛利小五郎來(lái)到了酒店，但到時(shí)發(fā)現(xiàn)堀田已被殺害，其隔壁房間的客人竟然是世良。柯南和世良在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行了一番調(diào)查，罪犯的手法與關(guān)鍵性的證據(jù)全被找了出來(lái)，就在柯南準(zhǔn)備和往常一樣進(jìn)行推理時(shí)卻發(fā)現(xiàn)自己的變聲器不見(jiàn)了，而這時(shí)竟有人很自然的用他遺失的變聲器開(kāi)始模仿小五郎的聲音進(jìn)行推理。

千葉警官在警局四處詢(xún)問(wèn)有關(guān)“不明飛行物”的線索，卻毫無(wú)所獲，這天他回到家，收到了聲稱(chēng)是自己宇宙第一大粉絲的人寄來(lái)的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽(yáng)奈的女高中生來(lái)到毛利事務(wù)所，委托小五郎調(diào)查杯戶(hù)公園“UFO”一事。杯戶(hù)公園隔壁的杯戶(hù)高中發(fā)生殺人案件，這兩者是否有聯(lián)系？

警察開(kāi)始調(diào)查帳篷燃燒的原因，籃球社的成員都有不在場(chǎng)證明。柯南從段野的證詞那里發(fā)現(xiàn)了奇怪之處，黑田管理官也發(fā)覺(jué)了異樣，這不是一起意外自殺，而是故意殺人事件。柯南從大家做的橡子挑擔(dān)偶人得到了啟發(fā)，懷疑是有人做了一個(gè)自動(dòng)起火裝置故意暗殺了漆原史昭。

混凝土殺人事件還未解決網(wǎng)上就已經(jīng)鬧得沸沸揚(yáng)揚(yáng)，說(shuō)是案件真兇是外星人而警察在故意隱瞞外星人的存在，將案件告訴過(guò)毛利小五郎的千葉警官為此被訓(xùn)斥了一番。柯南可以確定的是這起案件是人為的殺人事件，在走訪犯罪嫌疑人朽木后柯南有了線索，到底朽木是用什么方法殺了被害人呢？