朱蒂向小蘭和園子坦白了自己FBI的身份，而朱蒂還向小哀提議加入證人保護計劃。另一方面從學(xué)校回來的路上步美與柯南他們分手后徑自往家走。突然她和一個穿雨衣的男人撞在一起并倉皇離去，而這個人卻是殺人嫌疑犯！在警方的調(diào)查中步美說出手上發(fā)現(xiàn)了一個類似""5""似的記號，而這個記號究竟又是什么意思呢？

這件兇案的最大疑點就是，兇手從這個亂七八糟的黑暗房間逃跑的時候，居然沒有發(fā)出任何聲響，而且門鎖也沒有被破壞的痕跡，由此看來，睡在死者身邊的穗島嫌疑最大，可穗島卻說唐田和根上也都有這間屋子的鑰匙，于是，警方找來這二人進行偵訊，得知案發(fā)時兩人都沒有不在場證明，既然如此，嫌疑犯就有三人，這時，警方發(fā)現(xiàn)死者身上少了一顆紐扣以及地上的攝影機，查看過影像大家仍未發(fā)現(xiàn)有何異常，而那顆不翼而飛的紐扣就成了破案的關(guān)鍵。

柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時間內(nèi)沒有打開，郵件將自動刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對？

為了慶祝由貴的朋友澤口圭子的生日和留學(xué)而召開了慶祝派對，小蘭，柯南和小五郎也被邀請參加。除此之外參加者還有圭子，還有富堅順?biāo)竞鸵爸幸粯洹５窃谂蓪﹂_始不久，喝下葡萄酒的圭子卻突然倒下！警方在檢查圭子的酒杯后發(fā)現(xiàn)毒藥，而下毒的方法卻成了謎題。柯南在充分調(diào)查之后最終發(fā)現(xiàn)了犯人下毒的手法。

毛利偵探事務(wù)所來了三個委托人。要求調(diào)查失蹤的著名的系統(tǒng)工程師板倉，三人是不同游戲公司的職員，受板倉委托開發(fā)各自不同的軟件。小五郎根據(jù)三人發(fā)來的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時候發(fā)現(xiàn)板倉已經(jīng)死亡。在柯南的提示之下暮目警官發(fā)現(xiàn)了板倉被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！