當前可以確定的是，歹徒已經以賓客的身份潛入了婚禮會場，于是，警方讓新娘躲在門后觀察可疑賓客，最終將目標鎖定在三個可疑人身上，就在警方想要采集這三個的指紋時，新郎卻不耐煩的拉著新娘盡快完婚，而這時，柯南已經知道了歹徒的身份，他借小五郎之口指出歹徒，那么，得知真相的警方會有何行動？由美和佐藤警官又有什么秘密計劃？

某個炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊來到山里采集昆蟲，期間，博士出了一道暗號讓他們進行尋寶，內容是“丸蟲、家、帳篷”沒想到這個暗號居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說她們那里發生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。

為了謹慎起見，佐藤拜托目暮警官分別派人監視這三個可疑人士，就在大家擔心浩太，而不知如何是好時，浩太居然從外面回來了，看著平安無事的浩太，大伙兒懸著心終于放下了，可是人質雖然回來，還是不知道犯人是誰，佐藤主張一查到底，可將史卻不愿再追究下去，這時，高木警官注意到了腳底濕漉漉的浩太，詢問之后，他便一人沖了出去……

13年前，發生過的國友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認為有恐高癥的波花不會接近關口被殺的3層的陽臺，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習慣和病癥，都不太可能是殺害關口的犯人。而在藥瓶上檢測出來的未知的指紋更使兇手的身份疑團加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

倫子在密室中上吊死了。群馬縣的山村警官認為這是一起偽裝成自殺的密室殺人案而展開了搜查，并向純，享，耀治等人詢問情況。而三人案發時看起來也沒有什么異常。之后柯南留意到只有書架上的百科辭典沒有按卷數依次擺放的細節并找到了隱藏在書架里的密道并已毛利小五郎的省份給山村警官發送了提示短信最終將犯人抓獲。