阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發(fā)現(xiàn)一名倒在血泊中的男子，經(jīng)證實(shí)此人正是俗稱“佐羅”的連環(huán)搶劫縱火犯的同黨伊勢(shì)原祐二。為了解開(kāi)謎團(tuán)，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢(shì)的場(chǎng)面。想要解圍的柯南在和伊勢(shì)一起逃亡的過(guò)程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運(yùn)將會(huì)如何？

平次參加了全國(guó)高中生劍道大賽，他在個(gè)人賽中獲得了優(yōu)異的成績(jī)，他決心打敗對(duì)手沖田然后向和葉告白。但是事情進(jìn)展的并不順利，中場(chǎng)休息時(shí)場(chǎng)外發(fā)生了一起兇殺案。裁判拔谷士道在室外廁所旁被殺害，兇手穿著京都泉心高中的劍道護(hù)具，現(xiàn)場(chǎng)沒(méi)有目擊者，只有一位雙目失明的老人聽(tīng)到了聲響。

唐三為小舞梳頭，不由地聊起了各自的家庭，兩個(gè)人越聊越投機(jī)，小舞高高興興去吃飯，王圣等人趕忙湊過(guò)來(lái)好奇地問(wèn)東問(wèn)西，唐三心里坦蕩蕩，他夸小舞是一個(gè)很單純的姑娘。蕭塵宇派柳龍?jiān)谂鷮嬍艺伊艘淮笕Γ膊灰?jiàn)小舞的人影，沒(méi)想到小舞竟然住在七舍，而且還是這里的老大，蕭塵宇大為惱火。小舞興沖沖拉著唐三去食堂吃飯，蕭塵宇邀請(qǐng)小舞去魂師會(huì)館吃好吃的，小舞根本不領(lǐng)情，柳龍沖小舞大呼小叫，要強(qiáng)行拉她走，小舞飛起一腳把柳龍打翻在地，蕭塵宇?lèi)佬叱膳€搬出苑長(zhǎng)是他三叔來(lái)說(shuō)事，唐三根本不買(mǎi)賬，拉起小舞就去食堂吃飯了。理論課考試的時(shí)候，柳龍不會(huì)答題，就搶了王圣的卷子，還倒打一耙，誣陷王圣作弊，唐三和小舞站出來(lái)揭穿柳龍，監(jiān)考老師不容分說(shuō)把柳龍和王圣趕出去。接下來(lái)就是武魂格斗課，教官讓蕭塵宇給同學(xué)們做示范，蕭塵宇讓唐三做他的搭檔，其實(shí)就是想讓唐三當(dāng)活靶子，趁此機(jī)會(huì)好好教訓(xùn)唐三，蕭塵宇揮拳擊打唐三胸口，他被打得站立不穩(wěn)差點(diǎn)摔倒，蕭塵宇步步緊逼，招招致命，一一被唐三巧妙化解，兩個(gè)學(xué)員分別死死拉住唐三的手臂，蕭塵宇揮拳狠狠打向他的腹部，唐三紋絲不動(dòng)，蕭塵宇感覺(jué)有一股巨大的反擊力量，十分驚訝唐三如何反擊的。教官讓學(xué)員們擊打沙袋練

死者被殺時(shí)手里握著剪刀，尸體的傷口處還粘滿了蜂蜜，不僅如此，案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的水龍頭還一直開(kāi)著，柯南和昴確定兇手就是零食店的仙波先生，但他們還一時(shí)半會(huì)兒找不到兇器。在詢問(wèn)了保鏢后柯南有了一些線索，阿笠博士在院子里看到的成群螞蟻也為他們提供了幫助，兇手到底是運(yùn)用了什么手法來(lái)作案的呢？

柯南等人幫助舊書(shū)店店主裕次郎搬運(yùn)書(shū)籍，并在書(shū)店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對(duì)于父親經(jīng)營(yíng)舊書(shū)店的事感到很不滿，爭(zhēng)執(zhí)中眾人不歡而散。在光彥的帶領(lǐng)下，柯南等人來(lái)到了舊書(shū)店旁的公園，準(zhǔn)備觀看蒸汽機(jī)車(chē)發(fā)動(dòng)的場(chǎng)面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當(dāng)眾人與蒸汽機(jī)車(chē)合影完畢返回書(shū)店時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)裕次郎被壓在了倒塌的書(shū)架下面……