和葉和小蘭說在停電之前與來電以后，她們所看到的花瓶影子大有不同，在這么的短的時間內(nèi)，月亮的移動速度真會如此之快？隨后，目暮警官又對范田當時休息的房間進行了調(diào)查卻并未發(fā)現(xiàn)可疑之處，就在他關上窗戶準備離開時，柯南和服部看到窗戶上反映出的影子，不禁恍然大悟，沒錯，兇手就在這棟房間內(nèi)。

園子拉著小蘭和柯南去蛋糕博物館吃半價蛋糕，在這里每個師傅都有自己的廚房，參加比賽百戰(zhàn)百勝的前田、蛋糕王子藤野以及糖果魔術師森本都忙著為客人準備甜點，期間，柯南還在藤野那里嘗試了做木頭蛋糕，就在藤野修飾好蛋糕拿給柯南吃的時候，店里卻發(fā)生了兇案，死者是蛋糕店長橋垣，而嫌疑最大的就是這三個蛋糕師傅，但警方卻苦于找不到兇器，隨后柯南對每個人的廚房進行調(diào)查卻發(fā)現(xiàn)……

柯南等人掉落屋低之后，發(fā)現(xiàn)這個別館的地下居然是一個巨大的迷宮，大家團結一致將衣服拆開，利用毛線引導道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結束時間只有三個小時，這時，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應的位置，寶藏的所在也顯現(xiàn)出來，這時，時鐘不顧一切的沖向寶藏，他到底是什么人？

放學后，大家一起去由香家看鸚鵡，可是屋子里竟然出現(xiàn)了一個陌生男子，他說自己是由香媽媽的同事，可以看出由香非常討厭這個男人，之后，她又發(fā)現(xiàn)自己鸚鵡和之前有所不同，元太等人認為鸚鵡一定被這個男人調(diào)了包，便瞞著柯南在暗中展開了調(diào)查，沒想到事實真如他們料想一般，那么，他到底有何目的？由香又是否會有生命危險？

為調(diào)查真相，柯南又重返兩個案發(fā)現(xiàn)場，沒想到會有新的發(fā)現(xiàn)，他從鑒識人員那里得到了小提琴琴橋以及指揮棒的尖端，只要有這兩個東西，蓮希奶奶自殺的結論就可以被推翻，柯南依舊利用老方法把小五郎麻醉，將四名最有嫌疑的人叫道蓮希奶奶死時所在的房間，將兩年前以及今天所發(fā)生的慘案真相一一道出……