毛利小五郎帶柯南和小蘭來高級餐廳用餐，進門后三人發現桌上擺滿了食物卻沒有客人，并在廚房發現了倒在地上的廚師口石先生。清醒后的口石先生告訴三人，原本有五名客人在餐廳里用餐，不料自己在做飯時遭到了歹徒的襲擊，客人們也不知去向。毛利小五郎馬上通知了目暮警官，并查清了每個客人的身份，然而卻難以判斷消失的客人們去了何處。正在這時，擺放在餐桌上的甜點和雜物引起了柯南的注意。

為了和靈魂偵探堀田凱人進行對談，柯南跟著毛利小五郎來到了酒店，但到時發現堀田已被殺害，其隔壁房間的客人竟然是世良。柯南和世良在案發現場進行了一番調查，罪犯的手法與關鍵性的證據全被找了出來，就在柯南準備和往常一樣進行推理時卻發現自己的變聲器不見了，而這時竟有人很自然的用他遺失的變聲器開始模仿小五郎的聲音進行推理。

"米小圈睡得模模糊糊，他打開鬧鐘一看，呀，時間已經到了上午10點多了，米小圈嚇得連忙喊爸爸也起床，父子倆一個要上班，一個要上學，他們趕緊刷牙洗臉，順便喊媽媽準備全家人的早餐，媽媽睡眼惺忪地來到他們身邊，她定睛看了看鬧鐘，原來鬧鐘放反了，現在才凌晨2點多，米小圈趕緊又回到床上休息，普通又忙碌的一天，就這樣拉開了序幕。上午老師給全班同學留了一道作文題，名字叫《我的朋友》，米小圈想來想去，他覺得自己的朋友實在太少了，忍不住傷心的哭了起來，父親看到孩子在抹眼淚，關切地坐在他身旁問怎么回事，米小圈問爸爸有沒有朋友，嗯，至于朋友這件事，他的父親從來沒有想過，于是隨口感嘆，他好像一直都沒有朋友，說完這句話，父親也感覺到深深的悲哀，忍不住痛哭起來，母親看到父子倆如此悲戚，無奈搖搖頭。最近《十萬個為什么》在小朋友身邊非常流行，放學后米小圈和同學車馳一起討論《十萬個為什么》里面的內容，嗯，這個車馳實在見識廣博，米小圈站在他面前，簡直就像一個三歲的小朋友，自我感覺實在太孤陋寡聞，他決定今后少和車馳小朋友在一起探討有關科學方面的問題。轉眼就到作文課了，老師讓小朋友們逐個上臺演講，說一說他的好朋友，同學們一個又

警察開始調查帳篷燃燒的原因，籃球社的成員都有不在場證明。柯南從段野的證詞那里發現了奇怪之處，黑田管理官也發覺了異樣，這不是一起意外自殺，而是故意殺人事件。柯南從大家做的橡子挑擔偶人得到了啟發，懷疑是有人做了一個自動起火裝置故意暗殺了漆原史昭。

警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴男躲在一個倉庫里，不知為何柯南與小五郎也在場。警方突破倉庫門進入準備抓捕嫌疑人時，鷹取嚴男打開事先設下的陷阱，趁現場混亂之時綁架了柯南當做人質逃跑。柯南在犯人車上伺機逃跑，不料卻跑進死胡同里被抓。無奈之下柯南被帶到了一個荒廢的倉庫里，犯人鷹取嚴男究竟想讓柯南做些什么？