竹內(nèi)先生因?yàn)檎厥绿右荻粰z察官拘留，可妃英理認(rèn)為竹內(nèi)既然是自首并主動(dòng)承認(rèn)罪行應(yīng)該有被保釋的權(quán)利，之后，柯南和小五郎經(jīng)過(guò)調(diào)查發(fā)現(xiàn)撞人的可能是竹內(nèi)的妻子，于是，妃英理以此為籌碼再次要求放人，可沒想到的是竹內(nèi)才被保釋出獄，他就在自家陽(yáng)臺(tái)跳樓自殺，而目擊證人正是九條檢察官，為探尋真相，柯南和小五郎重返案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)……

少年偵探團(tuán)聽同學(xué)說(shuō)她們家的房客中有一個(gè)十分刻板且循規(guī)蹈矩的男人，尤其是遇上亂扔垃圾的人就會(huì)對(duì)他們訓(xùn)斥一番，出于好奇，柯南他們便前去見這個(gè)叫巖田的先生。沒想到三天之后，巖田居然去警局自首說(shuō)自己失手殺人，雖然是正當(dāng)防衛(wèi)不予追究，但警察還是對(duì)巖田的生活以及他的朋友等人進(jìn)行了調(diào)查，卻發(fā)現(xiàn)事情并不像他描述的那么簡(jiǎn)單。

死者鍛吾是被人捆綁溺斃在泳池中而死，他的一只手上還戴有前管家的手套，作為父親的角藏認(rèn)為兇手就是這棟宅邸中的某個(gè)人，聞聽此言，小五郎便做出不可能是家人犯案的結(jié)論，可是當(dāng)晚，角藏的房間里就傳出花瓶摔碎的聲音，當(dāng)大家趕到時(shí)，角藏已上吊身亡，在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)高木警官發(fā)現(xiàn)疑似角藏所留下的死亡訊息。

柯南等人和阿笠博士一起來(lái)雪山玩，元太堆雪人的時(shí)候，結(jié)識(shí)了正在為美術(shù)大學(xué)做畢業(yè)展作品的四名大學(xué)生，可沒過(guò)多久其中一名叫小倉(cāng)朔子的女生竟然不見了身影，于是，大家在茫茫風(fēng)雪中分頭尋找，卻意外的發(fā)現(xiàn)朔子竟然死在滑雪場(chǎng)懸崖下的池塘里，警察也立刻趕來(lái)介入調(diào)查，并分別對(duì)死者的其他三名朋友進(jìn)行偵訊，但沒有發(fā)現(xiàn)任何可疑之處。

在FBI制定作戰(zhàn)計(jì)劃的同時(shí)黑暗組織就已經(jīng)展開了行動(dòng)，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測(cè)敵人的意圖時(shí)，杯戶中央醫(yī)院突然涌來(lái)大波病患，這無(wú)疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會(huì)采取什么行動(dòng)？