一日，皇上在和、紀曉嵐與小月的陪伴下，到號稱人間天堂的杭州游玩，西子湖畔，伶牙俐齒的小才女蘇卿憐受義父，原甘肅知府，新調江浙總督的王旦望之托要將名畫《清明上河圖》贈送微服便裝的皇上。 八百里加急文書疾至，稟報皇上邊疆遭敵侵犯，和驕矜自負，為討圣上歡心，主動請纓。皇上一方面寄望他能平定邊亂，同時亦能調查清楚朝野內外議論紛紛的“監糧”一案的真偽，并特地為之配了小月、莫愁這兩個“內旨監軍”。 此次杭州之行，決非單純的游山玩水，皇上對紀曉嵐清肅污吏的能力十分欣賞，要他從已在杭州任職的原甘肅知府王旦望身上打開缺口。 王旦望自然不會坐以待斃，他加緊活動，上竄下跳，勾結心腹，串聯口徑。 和帶大批隨從，與小月、莫愁一路風餐露宿，風塵仆仆，大字不識一個的小月行軍途中仍不忘職責，及時巧妙地向皇上傳回奏折。

小月望著一片廢墟、傷心之極。從小春口中得知紀曉嵐等已從暗道逃走，小月破涕為笑。乾隆向百官念叨缺少銀兩以備軍需，紀曉嵐帶領著工匠出現，許諾可以幫乾隆解決難題。人證、物證俱在，齊蘇圖只得低頭認罪。銀妃以死要挾乾隆放過齊家。見乾隆不為所動，銀妃自盡。和珅為了擴大自己在朝中的勢力，暗中支持村夫李二組織邪教，從而謠言惑眾，籠絡人心。一時之間，朝廷內外盡是李二的信徒。工部因大做法事導致衙門失火。和珅答應撥款給工部金尚書以重修工部衙門。御史海升之妻組氏參加了當日作法，海升將失火原因告知了紀曉嵐。和珅同黨吳省蘭將作法用書《佛法心經》奉與皇上，并夸口只要通讀此書，便可百病不侵。和珅不失時機地推薦吳省蘭任左都御史。乾隆以紀曉嵐著成《四庫全書》為由，指派他上任左都御史，并對其寄予厚望。紀曉嵐上任之時，和珅的黨羽劉構傲慢無禮地當眾打坐，向紀曉嵐挑釁。紀曉嵐覺察出邪教實力強大，決定剝繭抽絲，調查到底。

福康安與和因偷偷挪用貢珠煉取仙丹而惴惴不安，備受太后寵愛的小月跟隨紀曉嵐奉旨赴臨青州，調查藥方疑案，和見阻撓不成，詐稱可助他們一臂之力，騙取皇上信任。幾個人輾轉住進一如意樓。側面打聽到此地有一位名叫黃鐵牙的神醫。 四姑娘尾隨而至，直闖紀曉嵐房間，語帶雙關二人詩詞酬和，心照不宣。小月多疑，頓生不滿。實際上四姑娘此行特為要對御醫呂長安殺人滅口。十四王爺又密授兩位黑衣女子跟蹤四姑娘必要時斬草除根。 名醫世家出身的炳康和香草是青梅竹馬的伙伴，二人勤勤懇懇，為煉就一付能長生不第之仙藥不辭勞苦，炳唐之父，正是才因奶娘暴亡而受牽連的御醫呂長安--神醫黃鐵牙，此番在家鄉被香草之父，德和堂藥鋪何掌柜收留，隱姓埋名。 尷尬人偏遇尷尬事，小月剛剛與逡巡而來，闖入如意樓的和撞個滿懷，又與來無影去無蹤的四姑娘“巧遇”。

紀曉嵐探望戴沾。對證之下，兩人明白是和珅從中搗鬼使兩人頻生誤會。紀曉嵐表示如玉處境危險。為救如玉戴沾只得說出真相。得知如玉的真實身份，紀曉嵐驚訝萬分。如玉到獄中懇求戴沾與自己遠走高飛，戴沾卻表示要一心潛修《四庫全書》，不愿因為兒女情長而辜負顏驥厚望。得知乾隆早已知道自己的身份，如玉表示自己也早已忘記仇恨。紀曉嵐帶太后看戲，太后驚訝地發現公主為小月扮演，而駙馬正是如玉扮演。戲中駙馬原為女扮男裝，被發現后要處以死刑，太后深為同情女駙馬，令紀曉嵐修改劇本，恕女駙馬無罪。

紀曉嵐堅持讓乾隆追查以抓出幕后主謀，乾隆認為紀曉嵐沒有真憑實據難以信服。趙青斥責乾隆昏庸，乾隆在和珅的挑唆下欲治她的罪，紀曉嵐甘愿替趙青接受懲罰。小月與趙青相互傾訴對紀曉嵐的情意，兩人盡釋前嫌，成為好姐妹。和珅傳旨紀曉嵐被革職。紀曉嵐頗感失意，詢問趙青是否愿意與自己歸隱山野。趙青以江山社稷為重，拒絕了紀曉嵐。兩人借酒澆愁，四目相對，不能自己。紀曉嵐酒醒之后發現趙青已不辭而別，不禁為自己一時沖動而懊悔不已。紀曉嵐帶乾隆來到香積庵，根據了凡寫在墻上的暗語，找到了被藏在佛像之下的財寶。