柯南在從大阪回來的新干線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉。途中車內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時(shí)留下高木警官的時(shí)候，犯人小倉要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉血跡的疑點(diǎn)，并推斷出這是他殺時(shí)間而非自殺。

柯南在調(diào)查橘律師釣魚的小船之后發(fā)現(xiàn)可疑的痕跡和莫名遺失的船錨。之后衫村小姐說出熊田達(dá)也事情的真相。在看到約翰的狗屋的牌子之后柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向眾人闡述了兇手利用潮水漲落的犯罪手法和殺害熊田達(dá)也的發(fā)法。而兇手也主動(dòng)承認(rèn)了罪行并道出了殺人的理由。

少年偵探團(tuán)在放學(xué)的途中發(fā)現(xiàn)勾在S形鉤子上的結(jié)婚戒指。光彥說這是某個(gè)人的SOS的求救信號(hào)，少年偵探團(tuán)的成員們開始搜索現(xiàn)場正在建的公寓。雖然中途誤會(huì)了島明夫婦，但是在大家的搜查下，柯南最終發(fā)現(xiàn)戒指的真真含義和“上原美里”的疑點(diǎn)。獨(dú)自面對(duì)犯人的柯南再次使用麻醉針逃離危險(xiǎn)并救出被囚禁的上原美里。

小五郎的車子出了故障，求助于偶爾路過的橘律師。因?yàn)檐囎右粫r(shí)之間修不好，便到了橘律師的別墅。橘律師因?yàn)樨澪凼录喈?dāng)出名。突然小蘭發(fā)現(xiàn)出海的橘律師的船翻船，橘律師死亡，而柯南也發(fā)現(xiàn)原本橘律師身上的救身衣不翼而飛。而橘律師最近收到一個(gè)化名“T.K”的恐嚇信。名字縮寫為T.K的熊田達(dá)也的嫌疑劇增。

柯南和少年偵探團(tuán)幾天來一直覺得元太的舉止怪怪的，便追問元太，元太說他因?yàn)槟繐袅诉B續(xù)搶劫案的罪犯而正被追殺，這時(shí)從商場頂樓有鐵材向元太落下來讓原本以為只是元太想多了的柯南眾人也認(rèn)真起來了。元太聲稱見到連續(xù)強(qiáng)盜犯卻忘記在哪里看到的。在不斷的回憶前幾天的事情之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到元太看到盜賊犯。