小五郎帶著小蘭和柯南來(lái)到“黃昏別館”，途中還偶遇了同是偵探的千間降代，當(dāng)他們到達(dá)之后才發(fā)現(xiàn)，此次受邀前來(lái)的茂木遙史、大上祝善、槍田郁美和白馬探都是名偵探，而在這棟別墅內(nèi)隨處可見(jiàn)陳年的血跡。在晚宴上，本以為能一睹這位別墅主人尊容的各位偵探卻掃興的發(fā)現(xiàn)，他居然頭戴面罩，并且還阻斷了所有道路，要求偵探們?cè)谶@棟孤立無(wú)援的別墅內(nèi)幫他尋找寶藏。

倒在浴室的薰被送到醫(yī)院。因?yàn)檎也坏綒⒑λ龝r(shí)所使用的兇器而被認(rèn)為是外部人所為，柯南從寫著祝福話語(yǔ)的彩色信紙上發(fā)現(xiàn)是內(nèi)部人所為。在獨(dú)自調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)候柯南注意到大家送上祝福的祝福版上的不自然并推理出了犯人和犯人的犯罪手法。柯南單獨(dú)面對(duì)犯人說(shuō)出自己的推理，犯人在證據(jù)面前承認(rèn)了自己的罪行，因?yàn)槔⒕沃氨阋呀?jīng)決定自殺的犯人在柯南的救助下活了下來(lái)而熏也搶救成功渡過(guò)危險(xiǎn)。

佐藤警官推理出小倉(cāng)原本逃脫的計(jì)劃，柯南指認(rèn)出進(jìn)入廁所的關(guān)鍵的三人。在調(diào)查了三名嫌疑犯以及攜帶物品之后柯南解析出犯人的犯罪手法和遺留的證據(jù)。在“沉睡小五郎”的推理下指出了刀子方向的不自然方向套出了犯人的口誤。雖然兇手一再否認(rèn)，但隨聲攜帶的報(bào)紙成為了逃不掉的鐵證。在罪犯逃跑的過(guò)程中被高木警官一罐子擊暈，案子最終成功告破。

在收集線索時(shí)，柯南并沒(méi)有像以前一樣提出很多的質(zhì)疑，反而竭盡全力的反駁服部的推測(cè)，之后他們?cè)谀硞€(gè)房間里發(fā)現(xiàn)了本不該出現(xiàn)在這里的拖把，有了這樣?xùn)|西，兇手的犯案手法就完全被破解了，但柯南仍然不甘心自己的這種猜測(cè)，于是他想要找到能推翻自己想法的證據(jù)，然而，事與愿違，越是深究事情就越是向自己不愿承認(rèn)的方向發(fā)展，面對(duì)如此不可置信的真相，柯南又該作何選擇？

死者是奈緒子，柯南和服部在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了魚(yú)鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線索，根本無(wú)法抓到兇手。這時(shí)，君惠說(shuō)她有今年祭典購(gòu)買號(hào)碼牌的名冊(cè)，于是柯南一行人前往神社，悲劇再次發(fā)生，君惠為找名冊(cè)死在倉(cāng)庫(kù)的大火之中。之后，柯南和服部分頭行動(dòng)，服部發(fā)現(xiàn)了新的線索，正巧此時(shí)柯南打來(lái)電話，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門脅時(shí)，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險(xiǎn)為夷？