柯南一直到吃晚飯的時(shí)候都還不見(jiàn)蹤影，博士去找他時(shí)也被不明人士打昏。深夜，不放心博士和柯南的灰原等人決定在古堡進(jìn)行搜索，然而他們卻沒(méi)有發(fā)現(xiàn)兇手正悄悄跟在他們后面，大家跟著灰原來(lái)到柯南消失的密室，并發(fā)現(xiàn)了血跡和石頭上的留言，古堡越來(lái)越詭異，之后，光彥和元太也不知了去向，步美和灰原進(jìn)一步深入古堡，就在她們也發(fā)現(xiàn)那具骷髏時(shí)，兇手出現(xiàn)。

少年偵探團(tuán)一大早搭乘開(kāi)往米花樂(lè)園的電車(chē)，當(dāng)柯南以為沒(méi)人和他們一樣時(shí)，就來(lái)了三個(gè)大學(xué)生也上了這趟電車(chē)，他們是鐵道研究社的，來(lái)這里是為了拍攝地上電車(chē)的照片，期間，川崎下車(chē)去前方拍攝行駛的電車(chē)，可就在電車(chē)急速向前時(shí)，他突然從梯子墜落到鐵軌上，幸虧司機(jī)及時(shí)剎車(chē)，他才得以保住一命，然而大家剛松了一口氣，卻發(fā)現(xiàn)堀井橫尸車(chē)廂……

發(fā)生了這種不幸的事，小五郎帶著柯南、小蘭來(lái)到小惠家看望她，期間，柯南借上廁所之名跑到二樓的書(shū)房進(jìn)行調(diào)查，他發(fā)現(xiàn)在電話線和墻壁連接的地方有膠帶的痕跡，之后又跑去案發(fā)時(shí)的車(chē)庫(kù)，看到車(chē)庫(kù)的上方的窗子，更加確定了自己的推測(cè)——這起汽車(chē)爆炸事件另有隱情，數(shù)日后，小五郎再次來(lái)到小惠家，然而此次前來(lái)的目的卻是……

服部平次邀請(qǐng)柯南與毛利和小蘭來(lái)大阪參觀旅行，一行人在旅行途中遇上一件離奇墜樓死亡事件。而這與之前的殺人案有著驚人的相似，疑似連續(xù)殺人案件。在柯南與平次對(duì)案情細(xì)心的推敲下發(fā)現(xiàn)整個(gè)案情指向一位女關(guān)系人，而就在這時(shí)她卻慘遭滅口，案情越趨險(xiǎn)。

小蘭的班上轉(zhuǎn)來(lái)了一個(gè)叫伊東玉之助學(xué)生，受到他的邀請(qǐng)小蘭和柯南一行人來(lái)到他的劇團(tuán)參觀排練過(guò)程，柯南發(fā)現(xiàn)成員之間似乎有什么問(wèn)題，沒(méi)過(guò)多久一樁殺人案件發(fā)生了，案發(fā)時(shí)所有人正好都在舞臺(tái)排練，而且柯南等人就坐在觀眾席，那個(gè)逃過(guò)柯南和劇團(tuán)人視線犯案的兇手應(yīng)該就在其中。