在東京的松陰神社，少年偵探團(tuán)及時(shí)救下了被男子襲擊的小早川公子小姐，為了尋找她爺爺藏起來(lái)的足以買下國(guó)家價(jià)值連城的寶藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口車站，遇到了自稱是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到這并非他的真名，到達(dá)之后，他們又發(fā)現(xiàn)了新的暗號(hào)，順著線索來(lái)到了萩市，沒(méi)想到襲擊公子小姐的人那些人將灰原、光彥和公子小姐帶走。

555 鸛的探索之旅（追蹤陽(yáng)菜篇）日文名字：こうのとりミステリーツアー（陽(yáng)菜追跡編）對(duì)應(yīng)漫畫：動(dòng)畫原創(chuàng)收視率：10.9%播映時(shí)間：2009年11月14日簡(jiǎn)介：住院的陽(yáng)菜逃出醫(yī)院后乘上出租車。平次一邊聯(lián)絡(luò)在旅館的柯南，同時(shí)坐上出租車追蹤陽(yáng)菜。和葉，少年偵探團(tuán)，哀也乘坐其他的出租車緊隨其后。柯南推理認(rèn)為陽(yáng)菜把“彩虹之子”藏匿在某處，并猜測(cè)她正往那邊趕去。被關(guān)在車后備箱內(nèi)的小蘭用BD徽章聯(lián)絡(luò)元太等人。柯南依靠徽章傳來(lái)的聲音推測(cè)小蘭所在的位置，然而…。

在尸體旁邊的筆記本上死者留下了一個(gè)晦澀的死亡訊息，不論怎么想也理不出頭緒，之后，山村警官也趕來(lái)介入調(diào)查，他們將目標(biāo)鎖定在山下旅館投宿的三位客人當(dāng)中，就在這時(shí)，柯南像是想到了什么，他獨(dú)自一人返回山里并在一棵樹(shù)下挖出了白骨，于是他就在這里等待兇手自投羅網(wǎng)，然而，讓他沒(méi)想到的是對(duì)方居然帶領(lǐng)了一大波人……

554 鸛的探索之旅（搜索小蘭篇）日文名字：こうのとりミステリーツアー（蘭捜索編）對(duì)應(yīng)漫畫：動(dòng)畫原創(chuàng)收視率：9.6%播映時(shí)間：2009年11月7日簡(jiǎn)介： 柯南和小五郎、小蘭、少年偵探團(tuán)、哀一起來(lái)到城崎溫泉。小蘭與在小道遇到的少女一同行蹤不明。服部平次與和葉出現(xiàn)在搖擺不定的柯南等人面前。平次是接受那位少女，陽(yáng)菜的父親田布施周平的委托來(lái)到此地。事件是昨天田布施美術(shù)館中，雕刻家半田夏穗的作品“彩虹之子”與陽(yáng)菜一起不翼而飛。柯南和平次一同開(kāi)始尋找小蘭…。

園子的叔叔次郎吉因?yàn)樽ゲ坏交露肇瑝?mèng)纏身，于是，他再次策劃了基德抓捕計(jì)劃，這次他以寶石涼鞋“紫色指甲”為誘餌，并將展示臺(tái)設(shè)在基德不能使用滑翔翼的銀座正中央地面上，在粉絲們的期待下基德出現(xiàn)并成功拿到寶石，就在這時(shí)，四個(gè)路口被巨大的網(wǎng)子隔開(kāi)，猶如籠中鳥(niǎo)的基德從容不迫，放出煙霧后瞬間移動(dòng)到了30公尺高的大樓，因?yàn)槠渲幸活w寶石是贗品，于是他宣布自己次日還會(huì)再來(lái)。