竹內(nèi)先生因為肇事逃逸而被檢察官拘留，可妃英理認(rèn)為竹內(nèi)既然是自首并主動承認(rèn)罪行應(yīng)該有被保釋的權(quán)利，之后，柯南和小五郎經(jīng)過調(diào)查發(fā)現(xiàn)撞人的可能是竹內(nèi)的妻子，于是，妃英理以此為籌碼再次要求放人，可沒想到的是竹內(nèi)才被保釋出獄，他就在自家陽臺跳樓自殺，而目擊證人正是九條檢察官，為探尋真相，柯南和小五郎重返案發(fā)現(xiàn)場……

在FBI制定作戰(zhàn)計劃的同時黑暗組織就已經(jīng)展開了行動，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測敵人的意圖時，杯戶中央醫(yī)院突然涌來大波病患，這無疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會采取什么行動？

小五郎應(yīng)邀去一個劇團監(jiān)控現(xiàn)場狀況，查看中柯南誤入道具室，沒想到他竟然在那里聽到了演員駒塚的殺人計劃，而且自己還十分不幸的被駒塚發(fā)現(xiàn)并監(jiān)禁了起來，計劃逃跑的這段時間內(nèi)，演員伴野和矢吹陸續(xù)來到這里在道具上做手腳，得知了三個心懷鬼胎的人所制定的殺人計劃后，柯南能否在戲劇開始前阻止他們的殺人行動？

死羅神和服部一唱一和，兩人一起揭穿了假新一的身份并且還將當(dāng)年村長及其妻子遇害一案再次向大家說明，而這個死羅神自然也就是工藤新一本人。案件結(jié)束后，新一的身體再次發(fā)生變化，幸虧灰原的及時趕到，新一才保住了秘密不被發(fā)現(xiàn)，在驅(qū)車回家的途中，一輛車很危險的在馬路上行駛，當(dāng)大家努力將其攔下后卻發(fā)現(xiàn)開車的人已被人勒死。

小說家萬田年久在旅館里趕寫小說，在編輯島木催稿離開房間后，萬田化裝成服務(wù)生，帶著貓咪諾貝爾離開了旅館。萬田路過柯南等人打簡易棒球的場地，進入了弟子原本高平的家。萬田從代理作者原本那里得到原稿后，將其殺害了。而偶然將球打入的柯南一行進入房間后發(fā)現(xiàn)了被殺的原本。柯南則發(fā)現(xiàn)了萬田的不自然。