小五郎載柯南和小蘭去泡溫泉的時候，目暮警官突然打來電話，說他們租來的這輛車子上被人安裝的炸彈而且時速必須保持在20公里以上，否則就會引起爆炸，面對這種突發狀況，小五郎只能繼續開車等待警察前來救援，但是即使打破玻璃救走小蘭和柯南，卻依舊無法保證小五郎的安全，如何讓車子在保持時速的情況下停止？犯人到底與小五郎又有何恩怨？

小五郎，蘭，柯南一行人受到虎田直信的委托，負責調查他的兒子義郎離奇死亡的案件，與此同時，服部在虎田的死對頭龍尾家調查他兒子康司的死亡，與義郎相同，康司的尸體旁也擺放了一只死蜈蚣。當晚，和葉和小蘭看到了身著鎧甲的戰敗武士的影子，得知此事后，龍尾家的綾華神大驚失色跑了出去，而發現她的時候，她已經被吊死在一顆樹上，腳下同樣出現了一只死蜈蚣。

小蘭和園子去吃帶上小學生才能打折的巨龍之山奶油圣代?？履嫌X得無聊去商場廁所時看到了高木、千葉和5歲的人質結誠佳代子的媽媽。柯南去地下停車場解救了佳代子，卻反被殺人犯大嶺良介當人質劫車帶走。小蘭找來了毛利小五郞救柯南。車上，柯南得知大嶺在涉谷開搶殺了柔道黑段、經常拖欠工人工資而引發金錢糾紛的恩田和美。原因是替開發過許多游戲卻沒得到應得數目的工資的朋友金山報仇。柯南企圖逃走，黑暗中有人對柯南開槍，大嶺救了柯南，柯南找來阿笠博士幫忙掩護。在毛利的調查中，幕后嫌疑人有三個。。。

小林老師在圖書館里發現了一個牛皮錢包，那里放了小學一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想卻在學校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發出挑戰并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！

就在媒體哄作一團采訪及川的時候，柯南獨自展開了調查，他從守畫室的門衛那里得知了及川在案發前的小動作，之后又在屋后發現了釣魚線，受到高木警官魔術的啟示，柯南破解了兇手的作案手法同時也得知了《青嵐》的所在，他利用老方法將小五郎麻醉并重現案發時的場景，最終將犯人繩之以法。案件了結以后，柯南雖戳破基德的偽裝，但這次他能抓到基德嗎？