和葉被人帶走不知去向，與此同時，柯南、服部和小五郎三人正對信一的死亡現場進行調查，期間，女傭鹽谷給他們送來宵并講述了三年前所發生的事情。當得知和葉被人擄走消息后，大家分頭尋找，最終在倉庫里找到了纏滿細線的和葉，所幸生命沒有受到威脅。之后，柯南和服部又發現了襲擊和葉用的電擊棒和BB彈，再次返回案發現場又找了新的線索，兇手就是那個人沒錯！

小蘭在去沖繩旅行的飛機上想起了一年前新一在飛機上首次處理命案的事情，當時正值深夜，飛機上所有的人都在睡覺，突然傳來一聲尖叫，一名叫大鷹的男子在廁所被人殺害，碰巧目暮警官也在飛機上，于是新一和目暮警官一起對機艙上所有可疑的人進行了調查，在尋找兇器無果后，新一想到兇器一定就在兇手身上。

柯南找來訂書機、剪刀和繩子后，就突然不見了蹤影，就在大家忙著找他時，一聲尖叫把所有人引到了再次被箭射穿窗戶的房間，繼而，柯南又不顧大家阻撓跑到樹林里，趁園子不注意的時候將她麻醉，借她之口指揮小蘭把兇手的殺人方法再現，將一切解釋清楚之后，就是揭穿兇手了，他就是……

步美生病一人在家休息，就連有電話打進來她也因熟睡也沒有接聽，但過了一會兒，步美聽到有人撬門的聲音，不禁想起了前些日子歹徒入室殺人的事情，可她還沒來得及報警，歹徒就破門而入了，她慌忙躲在床下，用少年偵探的徽章聯系柯南，因為不能說話她就用假面超人鬧鐘聲音代替自己傳達求救訊息，可元太光彥確認為步美在惡作劇，柯南會棄之不理還是解開暗號呢？步美又會展開怎樣的自救？

小五郎收到古裝劇演員土方幸三郎的邀請后被帶到公寓里，大家在這個五樓的屋子陽臺欣賞風景的時候，竟然看到土方的太太永倉永美的尸體，在隔壁演員沖田家的陽臺上倒下來，沖田否認自己殺人，但警方和小五郎都認為他是唯一有可能犯案的人，但柯南卻在土方原本悲痛的臉上看到一絲恐怖的笑容，便對沖田犯案的說法產生懷疑，最后柯南找到足以推翻整個案子的有力證據。