當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無(wú)疑就是在向黑暗組織昭示水無(wú)憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無(wú)憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

柯南、小蘭和小五郎一起去逛商場(chǎng)，沒想到書店附近傳來了一聲尖叫，只見一名男子渾身是血昏倒在地，接到電話的警方火速趕到并立刻封鎖現(xiàn)場(chǎng)，期間柯南和偶遇的灰原從一名小偷那里得知了歹徒的些許信息，之后，二人又對(duì)樓上的牙科診所進(jìn)行了調(diào)查，根據(jù)搜集到的信息，他們鎖定了目標(biāo)，就在歹徒企圖再次傷人時(shí)，警察及時(shí)趕到。

根據(jù)這個(gè)如此漏洞百出的犯案現(xiàn)場(chǎng)，柯南推斷前來拿走照片的人并不是黑暗組織，為查明真相，柯南讓店長(zhǎng)分別給三個(gè)有備份鑰匙的人打電話詢問他們的行蹤，卻并未發(fā)現(xiàn)有何異樣，然而，一切都逃不過柯南敏銳的眼睛，他將凳子上汗?jié)n與這三個(gè)人是身形相聯(lián)系，斷定拿走照片的人就在他們之中并且這個(gè)人現(xiàn)在就在房間里。

在東京的松陰神社，少年偵探團(tuán)及時(shí)救下了被男子襲擊的小早川公子小姐，為了尋找她爺爺藏起來的足以買下國(guó)家價(jià)值連城的寶藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口車站，遇到了自稱是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到這并非他的真名，到達(dá)之后，他們又發(fā)現(xiàn)了新的暗號(hào)，順著線索來到了萩市，沒想到襲擊公子小姐的人那些人將灰原、光彥和公子小姐帶走。

警方將這三人都帶到了地下停車場(chǎng)，他們分別是兒島、稻垣和玄田，根據(jù)受害者指著元太說“L”的信息，步美和光彥就認(rèn)為歹徒是與元太名字相近的家伙，便分別對(duì)他們提出質(zhì)疑，但都被柯南否定。與此同時(shí)，柯南也已經(jīng)知道了歹徒的身份，他躲在阿笠博士身后，用變聲領(lǐng)結(jié)說出了真相！