阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來到岡山縣倉(cāng)敷市展開了一場(chǎng)古代史之旅，他們?cè)谶@里結(jié)識(shí)了因同學(xué)會(huì)而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來的暗號(hào)進(jìn)行尋寶時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)那五人中的一人突然死亡，另外一個(gè)則被當(dāng)做重要關(guān)系人接受調(diào)查，根據(jù)少年偵探隊(duì)所找到的時(shí)光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個(gè)時(shí)光保存罐。

柯南和小蘭跟著小五郎一起來到鹿兒島，隨后三人就立即就去拜訪一個(gè)叫高隈的制酒廠，酒廠老板娘白石扶美子帶著這三人四處參觀的時(shí)候，卻不幸發(fā)生了意外，大家在董事辰村慎介的家中發(fā)現(xiàn)地上留有一灘血，而他本人也知了去向，經(jīng)過兩天的尋找辰村的尸體在公園里被人發(fā)現(xiàn)，而酒廠的所有人都成了此次案件的嫌疑人。

某天，一個(gè)自稱杉森政人的作家找到小林老師，說想要采訪少年偵探團(tuán)，得知這個(gè)消息后，元太、步美和光彥三人盛裝打扮，大家在小林老師的帶領(lǐng)下來到了杉森家，卻發(fā)現(xiàn)他的頭部遭人重?fù)簦阉烙诩抑校浇?jīng)過調(diào)查將嫌疑人士鎖定于在答錄機(jī)中留言的四人，而在這期間，讓柯南頭大的不止有案情還有一臉疑惑看著柯南推理的小林老師。

和葉和小蘭說在停電之前與來電以后，她們所看到的花瓶影子大有不同，在這么的短的時(shí)間內(nèi)，月亮的移動(dòng)速度真會(huì)如此之快？隨后，目暮警官又對(duì)范田當(dāng)時(shí)休息的房間進(jìn)行了調(diào)查卻并未發(fā)現(xiàn)可疑之處，就在他關(guān)上窗戶準(zhǔn)備離開時(shí)，柯南和服部看到窗戶上反映出的影子，不禁恍然大悟，沒錯(cuò)，兇手就在這棟房間內(nèi)。

警方聽過答錄機(jī)里的留言后，分別向留言的蓬田、檜垣和稻葉打電話確認(rèn)，發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有不在場(chǎng)證明，雖然警察沒有頭緒，但柯南卻早已知道兇手是誰，可介于小林老師的暗中觀察，柯南不能表現(xiàn)的太過明顯，于是，他將自己的推理簡(jiǎn)單告訴元太他們，讓他們分擔(dān)必要的說辭，提醒警察逐一排除其他兩名嫌疑人犯案的可能，那么，最有可能犯案的就是他！