少年偵探隊(duì)放學(xué)去游戲軟體公司詢問第二天新游戲發(fā)售的事情，沒想到元太因?yàn)橹毕肷蠋鴽_進(jìn)了董事長(zhǎng)的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長(zhǎng)很是緊張，因?yàn)榈锸撬麣⑷说挠跋瘢履吓銮煽吹蕉麻L(zhǎng)追元太等人的時(shí)候身上帶了手槍，意識(shí)到元太他們有危險(xiǎn)，便在董事長(zhǎng)身上裝了竊聽器，他聽到董事長(zhǎng)讓一個(gè)叫BEE的人追殺元太，這個(gè)BEE到底是誰(shuí)？元太他們又能否成功脫險(xiǎn)？

放學(xué)后，大家一起去由香家看鸚鵡，可是屋子里竟然出現(xiàn)了一個(gè)陌生男子，他說自己是由香媽媽的同事，可以看出由香非常討厭這個(gè)男人，之后，她又發(fā)現(xiàn)自己鸚鵡和之前有所不同，元太等人認(rèn)為鸚鵡一定被這個(gè)男人調(diào)了包，便瞞著柯南在暗中展開了調(diào)查，沒想到事實(shí)真如他們料想一般，那么，他到底有何目的？由香又是否會(huì)有生命危險(xiǎn)？

如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開了骷髏遍地之所，一伙人來到了一處地下溫泉，元太無意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時(shí)，眼前出現(xiàn)了一個(gè)洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據(jù)三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發(fā)生了……

當(dāng)阿笠博士滿懷期待得走向那位女性時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)這個(gè)人竟然是男扮女裝而且還是自己的舊識(shí)，再次認(rèn)錯(cuò)人不禁讓這群孩子們大失所望，于是大家決定利用動(dòng)物園的廣播站尋人，可依舊沒有回應(yīng)，難道博士又要與自己的初戀情人擦肩而過？這時(shí)，博士的回憶隱約浮現(xiàn)，柯南根據(jù)博士的說辭，破解暗號(hào)，來到了相約之地……

13年前，發(fā)生過的國(guó)友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認(rèn)為有恐高癥的波花不會(huì)接近關(guān)口被殺的3層的陽(yáng)臺(tái)，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測(cè)出來的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。