柯南用變聲領結將其中一名搶匪引到廁所并和大家一起將他制服，根據茱蒂老師提供的線索即搶匪注重時間以及讓認識的人互相捆綁這兩點，柯南推斷出了搶匪的目的以及他們的逃跑計劃，于是，少年偵探團在柯南的指揮下相互配合，爭分奪秒的把即將爆炸的炸彈送進電梯里，之后，柯南又將計就計把混在人質中剩下的三名人質揪了出來，本以為一切就此結束，沒想到……

柯南他們在米花百貨大樓里遇到了一個被不明人士綁滿炸彈的男人，他說歹徒的目的是為了抓住每周給他寄紅色t恤的人，如果找不到那個人，歹徒將引爆散落在各處的炸彈，面對如此危機的狀況，柯南將如何應對？與此同時，貌似赤井秀一的燒傷男性也出現在了這棟大廈中，他給茱蒂老師留下“此處有危險”的訊息后消失不見，而得知赤井出沒米花百貨消息的黑衣組織也展開了行動，這個人真的是赤井秀一嗎？

阿笠博士帶著少年偵探團一起去參觀西田在家里建造的水族館時，遇到了旅行回來的西田的學生井村，他們用備用鑰匙進了房子，沒想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發現了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認為這是意外事件，就在他們準備結案時，柯南說出了真相！

小五郎帶柯南和小蘭去菜園屋頂的時候，發現了其中一塊菜田主人中村的尸體，表面上看像是因為腳底打滑磕到了后腦勺的意外死亡，但柯南察覺到了其中的蹊蹺，警察找來屋頂菜園的其他三名種植者進行偵訊，每個人都沒有不在場的證明，并且其中一人的供詞卻引起了柯南的注意，當大伙兒再次來到菜園進行現場調查時，柯南發現了一塊奇怪的磚頭，而這無疑是找出兇手的關鍵線索。

柯南從一開始知道兇手是誰，為了證實自己的想法他又進行了確認，沒錯，這個人就是浦井星江！雖然知道了兇手的真面目但是她到底使用了什么手法，因為案發時她正在為小蘭看手相，根本沒機會在浦井社長杯子里下毒，就在他專心思考案情時，千葉和佐藤的談話給了他啟發，同時小五郎亂丟的煙頭也指向了關鍵的線索，于是，他麻醉小五郎說出真相。案件結束后，落寞的小蘭看著別人的甜蜜不禁流下眼淚，今年的白色情人節能收到新一的回禮嗎？