來到熊本阿蘇火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件，盜取熊紋食品機密資料的犯罪嫌疑人試圖取回贖金時被步美打斷，藏有機密隨身碟的熊本熊玩偶陰差陽錯到了小男孩賈斯丁手中，與賈斯丁有過一面之緣的柯南等人好不容易才找到了他的線索，但卻被犯人搶先了一步，現在丟失的不只是機密文件，連同賈斯丁也被綁架了。

案件解決后大龍警官卻并沒有要回到大阪的意思，發現大龍警官的異樣后柯南和平次等人一路尾隨來到了深山里的洋房，房里的兄弟姐妹們圍繞著遺產繼承話題明爭暗斗，洋房主人臥室里的棺材存在著諸多的疑點，小蘭和合葉在棺材里看到了駭人的一幕，整個事件籠罩在吸血鬼那毛骨悚然的氣息之中。

被襲擊的迫田暈倒前指向了小蘭，擁有空手道段數的小蘭被懷疑，尋找到目擊證人的柯南還從飾演過蝴蝶夫人的兩位演員身上找到了小蘭飾演角色的原型，而劇本內第二起殺人事件的死亡訊息也不知道蘊含著什么意義。案件變得更加撲朔迷離，擁有犯罪嫌疑的人越來越多，而在案件還沒解決的情況下又有人遭到了襲擊。

因為小蘭不在家，柯南和小五郎決定去杯戶町的一家拉面館吃飯，雖然這家飯館標榜的是美味的要死的拉面，但店面卻相當破舊，隨后，想要在這條商業街炒地皮的奸商西津也來到這里并與老板小倉、店員彩代以及隔壁理發店長谷中發生了激烈爭吵，使這里的氣氛變得一團糟，唯一值得安慰的是端出的拉面果真是絕頂美味，然而，西津卻在吃完拉面后倒地身亡，是意外還是謀殺？

以大阪發生的事件為契機，平次等人特地來到東京搜查，事件現場是一所公寓的房間，經過柯南和平次的調查后判定這是一起自殺案件，利落解決案件的柯南等人準備乘坐電梯回去時又發生了命案。乍看之下發生在眼前的是自殺案件，但柯南和平次發現了很多疑點，根據高木警官打聽的結果，柯南等人鎖定了三名嫌疑人。