寒假的這天柯南發(fā)燒了休息，而原本約定好的在步美家的紙牌游戲也沒有辦法參加。就在和步美通電話時(shí)忽然有個(gè)叫做正南的小男孩說有陌生人闖進(jìn)家中敲開了步美家的門，但之后他的父母便過來把他帶走了?？此菩『⒆拥膼鹤鲃〉履蠀s發(fā)現(xiàn)其實(shí)他們不是真的父母，正南可能真的面臨危險(xiǎn)！于是少年偵探團(tuán)的各位來到正南的家里一探究竟。

繼輕井澤別墅中的若松先生遇害之后，他的兒子玉郎也在東京的家中被毒殺，不可思議的是除了玉郎吃掉的那塊蛋糕意外并沒有發(fā)現(xiàn)其他的蛋糕上有毒。于此同時(shí)，大和敢助警官等人注意到了被殺害的若松先生浴室的瓷磚是運(yùn)用了一種名為陰影鉆石錯(cuò)視的會引發(fā)視覺錯(cuò)覺的形狀，總算讓若松社長的死亡訊息再次顯現(xiàn)出來，而現(xiàn)實(shí)出的字母竟是SON。

少年偵探團(tuán)利用連休來到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂趣，但跟著他們一起前來的園子、小蘭和小五郎卻對小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購買的老店中卻沒有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來的社長竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號的社長急忙拜托調(diào)查。

在砂田善三叔叔的邀請下園子、小蘭和柯南一起來到溫室觀看開花的金琥，在參觀的過程中愛發(fā)脾氣的善三叔叔和自己的兩個(gè)兒子因?yàn)檫z囑的事情起了爭執(zhí)。吃過八代小姐做的晚飯后柯南等人聽見了溫室的警報(bào)聲，趕過去的他們看到的是握著遺囑驚慌失措的康之，而砂田善三已經(jīng)死在了溫室里。

警方、柯南以及公車上遇到過的偵探世良真純一起進(jìn)入別館進(jìn)行調(diào)查，他們在二樓發(fā)現(xiàn)了帶有釣魚線的電動輪椅，在死者墜落的六樓發(fā)現(xiàn)了窗戶下方的油漆和油桶，加之別館使用的是前后各有一扇門的電梯，將這些線索全部串聯(lián)起來之后，柯南發(fā)現(xiàn)兇手就是那個(gè)人！世良先柯南一步破解案件并場景重新，然而結(jié)果卻并非大家所期待的那樣，人偶并沒有墜樓，到底是哪里出現(xiàn)了錯(cuò)誤？